Ngày 26/9/2008, tại Văn phòng Chính phủ, Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân đã có buổi làm việc với Bộ Y tế về Đề án "Đổi mới cơ chế hoạt động và cơ chế tài chính (trong đó có tiền lương, giá dịch vụ y tế đối với các đơn vị sự nghiệp y tế công lập). Theo Đề án, đối với các lĩnh vực như y tế dự phòng, DS-KHHGĐ và y tế xã, thôn bản do ngân sách nhà nước đảm bảo nguồn để thực hiện. Đối với lĩnh vực KCB, đổi mới phương pháp tính giá dịch vụ y tế theo hướng tính đủ chi phí hoạt động, khoản nào Nhà nước đã chi thì không tính vào mức thu dịch vụ, còn lại do người bệnh đóng góp (từ BHYT, viện phí).
Nhu cầu ngân sách Nhà nước để thực hiện đề án khoảng 8,5-9% tổng chi ngân sách Nhà nước; Nhà nước tiếp tục tăng đầu tư trái phiếu Chính phủ giai đoạn 2009-2012 khoảng 34.250 tỷ đồng.