Hiện nay, Viện Dược liệu, Bộ Y tế là đơn vị đầu mối thực hiện công tác bảo tồn nguồn gen và giống cây thuốc. Đến nay, Viện đã xây dựng được hệ thống mạng lưới bảo tồn nguồn gen cây thuốc tại các vùng sinh thái khác nhau.
Mỗi năm, thông qua công tác điều tra đánh giá nguồn tài nguyên dược liệu, Viện Dược liệu thu thập bổ sung hàng trăm nguồn gen đưa về trồng bảo tồn tại các vườn bảo tồn. Trong đó, thu thập được một số loài, nhóm loài theo tập đoàn phục vụ công tác chọn, tạo giống như: sả, bạc hà, nghệ, đinh lăng, kim ngân, gấc, ba kích, đảng sâm, hà thủ ô đỏ, trinh nữ hoàng cung...
Một số loài, nhóm loài thuộc diện quý hiếm có tên trong sách đỏ cũng đã được thu thập, bổ sung, ưu tiên bảo tồn như: bảy lá một hoa, ngũ vị tử hoa đỏ, ba gạc lá to, lan kim tuyến, ngân đằng…
Tính đến tháng 12/2021, hệ thống năm vườn bảo tồn của Viện Dược liệu đang bảo tồn và lưu giữ 1.180 nguồn gen cây thuốc, trong đó có 66 loài cây thuốc thuộc diện có nguy cơ bị tuyệt chủng. Đây là những nguồn vật liệu quan trọng cho nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu ứng dụng, khai thác và phát triển nguồn gen, tạo nhiều giống dược liệu quý, có năng suất và chất lượng cao.
Công tác bảo tồn nguồn gen tại chỗ ở các vườn quốc gia hay khu bảo tồn thiên nhiên cũng đã được triển khai, với việc bảo tồn tại chỗ hàng trăm loài cây thuốc, trong đó tập trung các loài đặc hữu, quý, hiếm của các địa phương, có giá trị y tế và kinh tế. Ngoài ra, bảo tồn nguồn gen còn được thực hiện ở trên trang trại và trong cộng đồng.
Viện Dược liệu và các đơn vị thành viên đã tuyên truyền, hướng dẫn kỹ thuật, giúp đỡ các hộ nông dân ở các tỉnh như Thanh Hóa, Lào Cai, Hà Giang, Thái Nguyên... để bảo tồn 11 loài cây thuốc trong vườn rừng, vườn trang trại như: ba kích, sâm báo, thảo quả, tam thất hoang, sâm Ngọc Linh, ngũ gia bì hương, ngũ gia bì gai, sì to, hà thủ ô đỏ, hoàng liên ô rô, sa nhân tím…
Từ kết quả đạt được của công tác bảo tồn nguồn gen, đã có hơn 50 loài được khai thác phát triển và một số loài đã được thương mại hóa. Đặc biệt, nhiều nguồn gen được chọn lọc và đang được phát triển ở quy mô sản xuất và xây dựng vùng trồng ở quy mô lớn như: sâm Ngọc Linh ở Kon Tum và Quảng Nam; sâm Lai Châu ở Lai Châu; sâm Vũ Diệp và tam thất hoang ở Hà Giang, Lào Cai; đảng sâm ở Kon Tum, Quảng Nam, Hà Giang, Lào Cai, Nghệ An, Thanh Hóa; đinh lăng ở Nam Định, Hòa Bình, Ninh Bình; bảy lá một hoa ở Lai Châu, Nghệ An...
Ngoài các vườn cây thuốc trong hệ thống mạng lưới của Viện Dược liệu làm đầu mối, còn có nhiều vườn cây thuốc ở các đơn vị khác đang triển khai, lưu giữ hàng trăm nguồn gen cây thuốc như: vườn cây thuốc của trường Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh; vườn cây thuốc của Bệnh viện Quân y 103; vườn cây thuốc của Bệnh viện Y học cổ truyền quân đội; vườn cây thuốc của Trạm sinh học Mê Linh (thuộc Viện Sinh thái và Tài nguyên sinh vật), vườn thực vật của trường Đại học Dược; một số vườn cây thuốc của các trường đại học, công ty…
Nhiều đơn vị đã tích cực tham gia các nhiệm vụ bảo tồn và khai thác các nguồn gen có giá trị kinh tế do Bộ Khoa học và Công nghệ, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Y tế phê duyệt.
Hiện nay, các đơn vị bảo tồn nguồn gen cây thuốc cũng chính là các đầu mối cung cấp giống ban đầu cho các vườn cây thuốc tại địa phương, bệnh viện, trường học và các lương y có nhu cầu trồng cây thuốc, cũng như xây dựng các mô hình trồng thuốc Nam tại các địa phương.
Theo PGS.TS Phạm Thanh Huyền, Phó Giám đốc Trung tâm Tài nguyên dược liệu (Viện Dược liệu), những kết quả đạt được đã mở ra triển vọng lựa chọn được nhiều giống cây thuốc tiềm năng để sản xuất, tạo nguồn nguyên liệu làm thuốc và góp phần phát triển kinh tế - xã hội. Tuy nhiên, hoạt động bảo tồn dược liệu hiện nay còn gặp các khó khăn như: cơ sở vật chất của các vườn bảo tồn cây thuốc còn hạn chế, diện tích nhỏ, chưa đáp ứng yêu cầu thực tiễn; đội ngũ cán bộ làm công tác bảo tồn còn mỏng. Nhất là nguồn lực tài chính cho công tác bảo tồn và phát triển còn hạn chế so với tiềm năng và tầm quan trọng của nó; còn phụ thuộc nhiều vào ngân sách nhà nước, chưa huy động được nhiều sự tham gia của doanh nghiệp và chưa tạo ra được nguồn kinh phí từ chính các hoạt động bảo tồn.
Để công tác bảo tồn nguồn gen cây thuốc quý, hiếm đạt được nhiều kết quả hơn, thời gian tới cần xác định danh mục các nguồn gen cây thuốc cần lưu giữ và bảo tồn; thu thập bổ sung các nguồn gen mới thuộc diện cần bảo tồn, chú trọng nguồn gen có nguy cơ bị tuyệt chủng và có giá trị kinh tế cao. Đồng thời, cần đẩy mạnh công tác đánh giá nguồn gen, đánh giá chất lượng nguồn gen và đa dạng di truyền nguồn gen.