Sau khi tiến hành khám xét, các thành viên tổ công tác của Bộ Công an và Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã thu giữ nhiều thùng chứa hồ sơ tài liệu cùng một số đồ vật có liên quan để phục vụ công tác điều tra. Sau đó, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã tiến hành di lý bị can Lê Tấn Hùng ra Hà Nội để phục vụ công tác điều tra.
Cùng thời gian tiến hành khám xét nhà bị can Lê Tấn Hùng, lực lượng chức năng cũng tiến hành khám xét nhà bị can Nguyễn Thành Mỹ - nguyên Phó Trưởng phòng Kế hoạch - Đầu tư SAGRI. Cả hai bị can Hùng và Mỹ cùng bị bắt tạm giam 4 tháng để điều tra về hành vi “Vi phạm quy định về quản lý sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí” theo Điều 219 Bộ luật Hình sự năm 2015.
Hai bị can Lê Tấn Hùng và Nguyễn Thành Mỹ.
Được biết, Tổng công ty SAGRI là doanh nghiệp 100% vốn Nhà nước (thuộc UBND TP. Hồ Chí Minh), có quy mô lớn; trong những năm gần đây, doanh thu toàn hệ thống SAGRI lên tới hơn 3.000 tỷ đồng/năm. Tuy vậy, thời gian qua, tổng công ty này cũng bị cơ quan chức năng chỉ ra hàng loạt sai phạm trong quản lý tài chính, đất đai, dự án...
Liên quan đến những sai phạm này, UBND TP. Hồ Chí Minh cũng đã đình chỉ công tác đối với ông Lê Tấn Hùng do có các sai phạm được Thanh tra thành phố, Kiểm toán Nhà nước và Chủ tịch UBND thành phố kết luận. Theo UBND TP. Hồ Chí Minh, vi phạm của ông Lê Tấn Hùng kéo dài, thiếu trách nhiệm khắc phục hậu quả, không đủ phẩm chất để tiếp tục lãnh đạo, điều hành SAGRI.
Bản Kết luận thanh tra số 38/KL-TTTP-P6 của Thanh tra TP. Hồ Chí Minh đã chỉ ra nhiều sai phạm tại SAGRI trong thời kỳ ông Lê Tấn Hùng lãnh đạo. Theo đó, SAGRI đã dùng gần 8 tỷ đồng để thuê mặt bằng 123 Trương Định, quận 3 làm văn phòng làm việc của Tổng Công ty và các công ty thành viên chưa đúng với quy định.
Qua thanh tra toàn diện, Thanh tra TP. Hồ Chí Minh còn phát hiện hoạt động đầu tư vốn của SAGRI hiệu quả không cao, một số khoản đầu tư tài chính dài hạn không hiệu quả, thua lỗ kéo dài, phải ngưng hoạt động dẫn đến vốn Nhà nước đầu tư tại các doanh nghiệp (thuộc SAGRI hoặc SAGRI có liên doanh, liên kết) bị tổn thất (18/28 đơn vị không lãi). Tính đến ngày 31/12/2016, với tổng vốn đầu tư đã chi ra hơn 1.070 tỷ đồng nhưng lợi nhuận SAGRI thu về năm 2015 chỉ hơn 53 tỷ đồng (đạt 4,97% tổng vốn đầu tư), năm 2016 chỉ hơn 33 tỷ đồng (đạt 3,15% tổng vốn đầu tư).
SAGRI được thành phố giao quản lý nhiều quỹ đất nhưng sử dụng, khai thác không hiệu quả dẫn đến việc thay đổi chủ đầu tư dự án, tự ý cho thuê đất sai quy định, không báo cáo Thường trực UBND TP. Hồ Chí Minh.
SAGRI và các đơn vị thành viên đang quản lý và sử dụng 46 mặt bằng, nhà đất với hơn 1.900ha; trong đó, có 11 mặt bằng, nhà đất được hợp tác kinh doanh khai thác, giữ hộ hàng hóa nhưng thực chất là cho thuê lại một phần hoặc toàn bộ diện tích.
Từ năm 2003, Nông trường Phạm Văn Cội thuộc Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Bò sữa thành phố (thành viên của SAGRI) ký hợp đồng gia công trồng hoa, cây cảnh xuất khẩu với Công ty cổ phần Phong Lan với diện tích 5ha, thời hạn hợp đồng 25 năm. Tuy nhiên, từ năm 2011, Công ty Phong Lan không thực hiện nghĩa vụ tài chính với Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Bò sữa thành phố mà tự ý giao phần đất này cho Công ty cổ phần thương mại Nông lâm nghiệp Bình Minh 2 sử dụng.
Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Bò sữa thành phố được thành phố giao đất nhưng cho cán bộ, công nhân viên mượn để trồng cỏ mà không có hồ sơ pháp lý liên quan với diện tích lên tới 27ha. Sau đó, 15 hộ nhận khoán đã tự ý sang nhượng cho 103 hộ. Hiện nay, tổng diện tích đất của Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên Bò sữa thành phố đang bị các hộ dân tranh chấp, lấn chiếm hơn 212.000m2; dẫn đến doanh nghiệp phải giải quyết tranh chấp với hộ dân ngay trên phần đất được thành phố giao quản lý. Không chỉ buông lỏng, sai phạm trong quản lý đất công, Thanh tra TP. Hồ Chí Minh xác định vào thời điểm từ ngày 3/10 - 1/11/2016, ông Lê Tấn Hùng với vai trò là Tổng Giám đốc đã ký khống 10 hợp đồng tổ chức cho hàng chục cán bộ, người lao động của SAGRI tham quan, học tập kinh nghiệm ở nước ngoài gây thất thoát hơn 13 tỷ đồng...