Bên cạnh đó, vỏ của những loài nhuyễn thể này còn là những vị thuốc hay trong y học cổ truyền, dùng riêng hoặc phối hợp với các vị thuốc khác chữa bệnh về mắt, hóa đờm, lợi niệu, tiêu tích... được dùng trong những trường hợp sau:
Vỏ hàu: tên thuốc là mẫu lệ, được lấy từ con hàu và được chế biến như sau: Cho vỏ vào nồi cùng với cát, trát kín, nung khoảng 12 giờ đến khi vỏ có màu xanh nhạt và bóp vụn ra là được. Có thể nung khô hoặc tẩm dấm, rồi tán thành bột mịn. Dược liệu chứa canxi với hàm lượng cao dưới dạng muối carbonat, phosphat và sulfat, magiê, sắt, nhôm và chất hữu cơ, có vị mặn, chát, tính hơi lạnh, không độc, có tác dụng thanh nhiệt, hóa đờm, giải độc, lợi tiểu, trừ nóng khát, hư tổn.
Thạch quyết minh (vỏ bào ngư) chữa bệnh về mắt.
Chữa mộng tinh, di tinh: Vỏ hàu 50g, lộc giác sương 50g. Trộn đều, tán nhỏ, uống mỗi ngày 8-16g với nước sắc dây đỏ hồng 30g.
Chữa khí hư: Vỏ hàu 40g, phèn phi 40g, tẩm đồng tiện (nước tiểu trẻ em) phơi khô, tán nhỏ, rây bột mịn, mỗi lần uống 4g.
Chữa đái rắt, đái són: Bột vỏ hàu 40g nhồi vào bong bóng lợn, ăn trong ngày.
Chữa đau dạ dày, ợ chua: Bột vỏ hàu 8g, bột cam thảo 8g, trộn đều, uống với nước ấm, dùng nhiều ngày.
Mẫu lệ (vỏ hàu) chữa đau dạ dày.
Chữa mồ hôi trộm, chứng nổi hạch: Mỗi ngày uống 8g bột vỏ hàu trộn với nước ấm.
Dùng ngoài, vỏ hàu chữa mụn nhọt, lở loét dưới dạng bột rắc hoặc vỏ hàu nung đỏ, tán nhỏ, trộn với đào nhân giã nát (lượng bằng nhau) thêm nước cho nhão, đắp chữa sung đau ngọc hành ở trẻ em (Nam dược thần hiệu)
Vỏ ngao: tên thuốc là văn cáp hay cáp xác, được lấy từ con ngao mật và chế biến như sau: Cho vỏ vào nước, nấu trong khoảng 5-6 giờ rồi phơi khô. Khi dùng để nguyên, tẩm dấm hoặc đồng tiện, rồi sao vàng, tán thành bột mịn.
Dược liệu có vị mặn, tính bình, có tác dụng thanh nhiệt, lợi thấp hóa đàm. Sách Dược tính chỉ nam ghi “làm tan đờm dãi, chữa chứng mụn nhọt ác sang hay chứng mụn nhiều máu mủ độc”.
Chữa phiến nhiệt, đau họng, ho tức, ho đờm, băng lậu, tràng nhạc, trĩ. Liều dùng hàng ngày: 12-20g dưới dạng thuốc sắc hoặc thuốc bột để uống.
Chữa chứng đau bụng ở phụ nữ sau đẻ: Bột vỏ ngao 15g mỗi lần uống với rượu hâm nóng.
Vỏ bào ngư: tên thuốc là thạch quyết minh được lấy từ con ốc khổng hay ốc chín lỗ. Dược liệu có vị mặn, tính bình, không độc, có tác dụng bổ gan thận, thanh nhiệt làm sáng mắt, được dùng để chỉ trị chóng mặt, hoa mắt, thong manh, mắt mờ có màng mộng, thị lực kém. Liều dùng hàng ngày là 4-8g dưới dạng thuốc bột hoặc 15-30g dưới dạng thuốc sắc.
Chữa quáng gà: Vỏ bào ngư, sơn thù, sơn dược, mỗi thứ 16g, cúc hoa, bạch tật lê, kỷ tử, đơn bì, bạch thược, phục linh, trạch tả, thục địa, mỗi thứ 12g. Tất cả phơi khô tán nhỏ, rây bột mịn, trộn với mật làm thành viên. Mỗi ngày uống 20g, chia làm 2 lần.
Chữa đau mắt, sợ chói: Vỏ bào ngư, cúc hoa vàng và cam thảo (lượng bằng nhau) phơi khô, tán bột, ngày dùng 4g chiêu với nước ấm.
Chữa đục thủy tinh thể: Vỏ bào ngư 30g, thuyền thoái 15g, xác rắn 15g, huyền hồ phấn 10g, đại hoàng 15g. Tất cả sắc uống với 400ml nước còn 100 ml nước, uống làm 2 lần trong ngày.
Vỏ sò: được lấy từ sò huyết, tên thuốc là ngõ lăng xác, đem rửa sạch, đập thành những mảnh vụn, cho vào nồi trát kín, nung đến khi đỏ hồng. Lấy ra, để nguội, tán nhỏ, rây bột mịn hoặc nhứng ngay vỏ đang hồng vào dung dịch dấm rồi mới tán bột. Dược liệu có vị ngọt, mặn, tính hơi lạnh, có tác dụng tiêu tích, hóa đàm.
Chữa tụ máu bầm tím, tê bại, đại tiện ra máu mủ, đau dạ dày ợ chua, cam răng ngày dùng 12-20g với nước ấm. Có thể làm viên uống.
Vỏ hến: tên thuốc là nghiễn xác, có vị mặn, tính ấm, không độc, có tác dụng cố tinh, làm se, long đờm, chống nôn.
Dùng riêng, chữa nôn mửa ợ chua, đau vùng thượng vị, hen suyễn, sang lở, thấp khớp. Liều dùng hàng ngày: 4-8g, có khi đến 12g được liệu đốt thành tro, tán bột, uống với nước gừng (Nam dược thần hiệu).
Dùng phối hợp chữa quáng gà: Vỏ hến 40g, rang; cỏ dùi trống 40g, cúc hoa vàng 20g; thảo quyết minh 20g, kỷ tử 16g. Tất cả tán nhỏ, rây bột mịn. Ngày uống 12g đối với người lớn, 4-5g cho trẻ em.
Chữa di tinh, đái đục: Vỏ hến nung và hoàng bá sao, lượng bằng nhau, tán nhỏ rây bột mịn. Ngày uống 2 lần, mỗi lần 1 thìa cà phê (Hải Thượng Lãn Ông).
Vỏ trai: chủ yếu là trai điệp, tên thuốc là bạng xác. Khi dùng nướng trên lửa to hoặc than hồng cho vỏ đỏ lên, để nguội, tán thành bột mịn. Bột này có có tên gọi là bạng phấn, có vị mặn, tính hơi hàn, không độc có tác dụng khái thông, tiêu đàm, tán ứ, chữa bạch đới, thủy thũng, phiên vị (ăn vào nôn ra) ho đờm đặc, đau mắt. Liều dùng hàng ngày: 6-10g uống với ít rượu.
Vỏ ốc (ốc nhồi): tên thuốc là điền hoa xác, có vị mặn, ngọt, tính bình không độc, có tác dụng chống lở loét, giải tâm phiền, chữa lở miệng, rộp lưỡi, loét lợi và niêm mạc má. Lấy vỏ ốc nhồi 2 cái rửa sạch, sấy khô, sao vàng, tán bột mịn, cỏ nhọ nồi 50g, phơi khô, tán bột mịn. Trộn đều hai bột, xát vào răng lợi nhiều lần trong ngày. Khoảng 2-3 ngày là khỏi.
Chữa cơn đau tim đột ngột: vỏ ốc nhồi đốt với gỗ thông thành than, tán bột, rồi uống với nước sắc gỗ trầm hương, mỗi thứ 8g dùng 3-5 lần.