Vi khuẩn HP sống trong dạ dày, dưới lớp nhầy niêm mạc dạ dày, sát cạnh các tế bào biểu mô, không xâm nhập các mô. HP sống được trong môi trường axit ở dạ dày vì nó đòi hỏi ôxy ở mức độ rất thấp và sản xuất ra nhiều urease, urease sẽ chuyển ure thành amoniac làm cho môi trường sinh sống của HP trở thành kiềm.