Bởi quỹ BOG đóng vai trò là một trong những công cụ để Nhà nước điều tiết giá xăng dầu trong nước trong trường hợp xăng dầu thế giới có biến động. Tuy nhiên, theo Kiểm toán Nhà nước, việc trích quỹ vẫn còn nhiều bất cập như khi giá cơ sở tăng so với kỳ trước điều hành giá vẫn thực hiện trích quỹ và chi quỹ như vậy với cách điều hành giá theo quy định hiện hành sẽ làm cho giá xăng dầu vẫn tăng sau khi thực hiện điều hành giá và thực tế nhiều doanh nghiệp đầu mối vẫn còn tồn quỹ BOG với giá trị lớn sau khi điều chỉnh tăng giá. Để khắc phục tình trạng này, Kiểm toán Nhà nước đã kiến nghị chỉ trích quỹ BOG khi giá giảm để giá vẫn ổn định (bình ổn giá) và tạo nguồn cho quỹ, khi giá tăng không trích (để không làm tăng giá - đạt mục đích bình ổn giá) và sẽ dùng quỹ bình ổn để bù đắp, khi thiếu quỹ khi đó mới tăng giá.