Ông Tài bị bắt giam vì tội cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại UBND huyện Đông Hòa thời điểm ông làm chủ tịch UBND huyện. Theo kết quả điều tra, từ tháng 7/2013 đến 4/2014 với vai trò là chủ tịch huyện ông Tài đã chỉ đạo nhiều cấp dưới của mình thực hiện những việc làm trái pháp luật trong quá trình hỗ trợ tái định cư dự án Nhà máy lọc dầu Vũng Rô tại xã Hòa Tâm, huyện Đông Hòa.
Hai thuộc cấp đóng vai trò chủ đạo cùng ông Tài làm trái là Nguyễn Kích (nguyên giám đốc Trung tâm Phát triển quỹ đất huyện) và Huỳnh Ngọc Thắng (nguyên phó giám đốc Trung tâm Phát tiển quỹ đất). Các đối tượng này đã cố tình làm sai quy định, bồi thường giá cao ngất ngưỡng cho hàng loạt thửa đất lấn chiếm và nhà xây dựng trái phép gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 9 tỷ đồng. Bên cạnh đó, các đối tượng còn ngụy tạo hồ sơ để chi tiền hỗ trợ chuyển đổi nghề nghiệp sai cho 9 cán bộ đương chức, hưu trí với số tiền gần 9 tỷ đồng trong khi thực tế những người được hưởng hỗ trợ này hoàn toàn không có hộ khẩu, không sinh sống ở địa phương.
Ông Tài nghe đọc lệnh bắt giam tại nhà riêng hôm 11/9
Với các sai phạm trên, tháng 9/2016, TAND tỉnh Phú Yên xác định ông Tài là chủ mưu, biết các việc làm sai nhưng vẫn quyết liệt chỉ đạo cấp dưới làm để trục lợi. Vậy nên, tòa tuyên phạt ông Tài 12 năm tù giam. Các thuộc cấp của ông sai phạm đều bị xét xử nhiều mức án khác nhau. Không đồng ý với mức án trên, ông Tài liên tục kêu oan cho rằng mình chỉ sơ xuất nghe cấp dưới tham mưu, đề nghị điều tra lại. Năm 2017, TAND cấp cao tại Đà Nẵng xử phúc thẩm và tuyên hủy án sơ thẩm để điều tra bổ sung chứng cứ và xét xử lại.
Sau thời gian điều tra bổ sung, đến nay đã đầy đủ cơ sở, chứng cứ xác định Nguyễn Tài là người đứng đầu, trực tiếp chỉ đạo gây ra vụ án gây thiệt hại nghiêm trọng này nên cơ quan cảnh sát điều tra Công an tỉnh Phú Yên chính thức bắt giam ông Nguyễn Tài.
