Việc ra đời của Luật này cũng đồng thời đem đến sự thay đổi mạnh mẽ về nhận thức của nhiều người trong việc đăng ký và hiến mô, bộ phận cơ thể người, hiến xác phục vụ các mục đích nghiên cứu khoa học và điều trị bệnh cho những người bệnh; thúc đẩy ngành ghép mô, tạng đạt được những kết quả đáng ghi nhận, có trình độ tương đương khu vực và thế giới trong ghép thận, tim, gan, phổi….
Tuy nhiên, đến nay, sau một thời gian đi vào cuộc sống, nhiều nội dung của Luật phát sinh nhiều bất cập, vì vậy cần phải nghiên cứu chỉnh sửa để kịp thời giải quyết các vướng mắc để phù hợp và thích nghi với thực tiễn
Theo ông Nguyễn Hoàng Phúc, Phó Giám đốc Trung tâm Điều phối ghép tạng quốc gia, nhiều quy định mới chỉ dừng lại ở mức độ chung, chưa có các quy định cụ thể để triển khai thực hiện do đó đã không còn phù hợp với tình hình thực tiễn.
Trong đó có độ tuổi. Theo điều 5 của Luật hiến, lấy, ghép mô, bộ phận cơ thể người và hiến, lấy xác ghi rõ "Cấm trẻ em dưới 18 tuổi hiến tạng". Như vậy, luật không cho phép trẻ em chết não hiến tạng, dù nhiều trẻ và phụ huynh có mong muốn hiến tạng.
Nhiều ý kiến cũng cho rằng, với việc quy định độ tuổi được phép hiến tạng là không được dưới 18 tuổi đã khống chế nguồn tạng hiến tặng từ người cho chết não. Trong khi đó số người chết não vì tai nạn giao thông mỗi năm lên đến hàng ngàn người, đây chính là nguồn tạng tiềm năng để ghép tạng.
Tại một số nước trên thế giới việc quy định độ tuổi hiến tạng cởi mở hơn như tại nước Anh, người dưới 18 tuổi vẫn có thể đăng ký hiến tạng ở mọi lứa tuổi và có thể thay đổi hoặc cập nhật quyết định bất kỳ lúc nào. Còn tại Pháp, người chưa thành niên không được phép hiến mô, tạng khi còn sống. Tuy nhiên, người đủ 13 tuổi trở lên mới được quyền hiến tạng sau khi qua đời. Tại Hà Lan, luật hiến tặng nội tạng quy định những người từ 12 tuổi trở lên có thể đăng ký hiến tạng sau khi qua đời. Đối với người dưới 12 tuổi muốn hiến tạng phải có sự cho phép của cha mẹ hoặc người giám hộ.
Trước những hạn chế còn tồn tại trong hoạt động hiến, ghép tạng, một số chuyên gia kiến nghị luật cần sửa đổi không nên giới hạn về độ tuổi đối với người hiến chết não. Trong trường hợp chết não, người dưới 18 tuổi cần được xem xét chấp nhận khi được người đại diện theo pháp luật hoặc người giám hộ hợp pháp của họ đồng ý. Bởi với mô, bộ phận cơ thể của người dưới 18 tuổi vẫn có thể dùng được để cấy, ghép cho người bệnh; đặc biệt với những bệnh nhân dưới 18 tuổi. Khi bản thân người chết hoặc những người thân trong gia đình có nguyện vọng muốn hiến tặng, pháp luật cần xem xét chấp nhận điều này.
Tiếp đến là chưa có quy định về Hội đồng xác định chết não mà chỉ có quy định về chuyên gia xác định chết não. Trong khi đó, chuyên gia xác định chết não là giám định pháp y không phù hợp với các tiêu chuẩn xác định chết não và thực tiễn gây khó khăn cho các bệnh viện. Ngoài ra, tiêu chuẩn cận lâm sàng, số lần xác định chết não bắt buộc 3 lần, thời gian xác định chế não tối thiểu 12h còn bất cập.
Bên cạnh đó, một số ý kiến cho rằng, phạm vi điều chỉnh của pháp luật trên lĩnh vực này còn chưa bao quát hết những đối tượng có liên quan đến mô, bộ phận cơ thể người như máu, tế bào gốc, thậm chí liên quan đến gen người; Pháp luật về hiến, lấy, ghép mô, bộ phận cơ thể người và hiến, lấy xác chưa quy định một cách cụ thể, chặt chẽ việc thực hiện quyền về hiến mô, bộ phận cơ thể người và hiến xác trong một số lĩnh vực như phục vụ hoạt động nghiên cứu khoa học, giảng dạy; Trình tự, thủ tục hiến, lấy, ghép mô, bộ phận cơ thể người và hiến, lấy xác có những quy định chưa phù hợp, ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện (chẳng hạn quy định về thủ tục xác định chết não);…
Theo thống kê của Bộ Y tế, số ca ghép tạng tại Việt Nam có sự gia tăng đáng kể, từ 283 ca (năm 2014) lên 1.004 ca (năm 2022); đến nay, cả nước đã thực hiện thành công khoảng 7.500 ca ghép tạng. Đáng chú ý, nếu trước đây chỉ là các bệnh viện lớn như: Hữu nghị Việt Đức (Hà Nội), Trung ương Huế, Chợ Rẫy (Thành phố Hồ Chí Minh) mới có thể thực hiện được kỹ thuật ghép tạng thì đến nay nhiều cơ sở y tế, bệnh viện tuyến tỉnh như: Phú Thọ, Thanh Hóa, Nghệ An cũng đã làm chủ kỹ thuật ghép tạng, cứu sống người mắc bệnh hiểm nghèo.