Theo UBKTTW, với cương vị là Giám đốc - Tổng Biên tập, đồng chí Chu Hảo chịu trách nhiệm chính về việc Nhà xuất bản Tri thức xuất bản một số cuốn sách có nội dung trái với quan điểm, chủ trương, đường lối của Đảng, Nhà nước, vi phạm Luật Xuất bản, bị cơ quan chức năng xử lý, thu hồi và tiêu hủy. Từng giữ chức vụ Thứ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ, đồng chí đã vi phạm Quy định về những điều đảng viên không được làm, có những bài viết, phát ngôn có nội dung trái với Cương lĩnh chính trị, Điều lệ Đảng, nghị quyết, chỉ thị, quy định của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước; đồng chí đã suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa”. Vi phạm, khuyết điểm của đồng chí Chu Hảo là rất nghiêm trọng, làm ảnh hưởng đến uy tín của tổ chức đảng, tác động xấu tới tư tưởng xã hội, đến mức phải xem xét, thi hành kỷ luật.
Vi phạm của đồng chí Chu Hảo bắt đầu từ năm 2005, khi đồng chí nghỉ hưu (không còn là Thứ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ) và chuyển sang công tác ở Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam. Với cương vị là Tổng Biên tập, Giám đốc Nhà xuất bản Tri thức, đồng chí đã lựa chọn, biên tập, xuất bản nhiều cuốn sách có nội dung sai phạm, trái quan điểm, chủ trương đường lối của Đảng. Cụ thể trong các năm (2005-2009), đồng chí đã cho xuất bản 5 cuốn sách có nội dung chính trị tư tưởng sai trái, bị cơ quan chức năng thẩm định, kết luận, xử lý cấm phát hành. Chẳng hạn, cuốn “Đường về nô lệ” của F.A. Hayek đã thổi phồng các mặt hạn chế của chủ nghĩa xã hội, đánh đồng chủ nghĩa xã hội ở Liên Xô với chủ nghĩa phát xít; đề cao các giá trị dân chủ của chủ nghĩa tư bản, phủ nhận hoàn toàn hệ thống triết học, chính trị, kinh tế, văn hóa của chủ nghĩa xã hội, phủ định chủ nghĩa Mác, gắn mô hình kinh tế của Liên Xô trước đây với mô hình của chủ nghĩa phát xít, cho rằng tất yếu mô hình đó sẽ dẫn đến nô lệ. Cuốn sách “Tranh luận để đồng thuận” của nhiều tác giả, có một số bài viết có những luận điểm đi ngược lại chủ trương của Đảng về phát triển kinh tế - xã hội. Cuốn sách “Việt Nam thay đổi và hạnh phúc” có những quan điểm, nhận định, đánh giá thiếu căn cứ khoa học, mơ hồ về chính trị, hết sức sai lầm, lệch lạc,
trái với những quan điểm, chủ trương đường lối của Đảng... Ngoài ra, cuốn sách “Ông Sáu Dân trong lòng dân” cho thấy Nhà Xuất bản có dấu hiệu khuynh hướng tập hợp những bài viết về những người có quan điểm khác với chủ trương, đường lối của Đảng, nhằm “gợi ý”, “gợi mở” một hướng đi khác, cách nhìn khác không có lợi cho sự nghiệp xây dựng đất nước.
Việc xuất bản 5 cuốn sách trên, trách nhiệm chính thuộc về đồng chí Chu Hảo. Năm 2009, UBKT Đảng ủy Khối các cơ quan Trung ương đã tiến hành kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm và kết luận vi phạm của đồng chí Chu Hảo đã đến mức phải kỷ luật khiển trách, nhưng miễn kỷ luật do xét các tình tiết giảm nhẹ như công lao, quá trình cống hiến, sự thành khẩn của đồng chí; yêu cầu đồng chí kiểm điểm nghiêm túc, rút kinh nghiệm sâu sắc về những thiếu sót, khuyết điểm và có biện pháp sửa chữa. Tuy nhiên, từ năm 2009 đến năm 2018, đồng chí vẫn tiếp tục xuất bản những cuốn sách có nội dung vi phạm, trong đó có 2 cuốn nội dung vi phạm về chính trị, tư tưởng bị cấm phát hành; 17 cuốn sách sai phạm ở mức độ ít nghiêm trọng và 5 cuốn không được phép tái bản. Như vậy, đồng chí đã cố tình vi phạm các vấn đề đã cấp có thẩm quyền kiểm tra, nhắc nhở.
Trong việc nói, viết và làm theo Cương lĩnh chính trị, Điều lệ Đảng, Nghị quyết, chỉ thị của Đảng và pháp luật của Nhà nước, đồng chí có những vi phạm được đánh giá là rất nghiêm trọng, cụ thể như: Đồng chí tham gia ký vào các thư kiến nghị, thư ngỏ và có nhiều bài viết trên báo chí trong và ngoài nước, mạng xã hội như: “Kiến nghị về sửa đổi Hiến pháp 1992” nêu lên 7 kiến nghị tập trung vào ba vấn đề cốt lõi: (1) Đòi bỏ Điều 4, Hiến pháp; (2) Yêu cầu đa nguyên chính trị, đa đảng đối lập; (3) Đòi phi chính trị đối với lực lượng vũ trang; “Thư ngỏ gửi Ban Chấp hành Trung ương và toàn thể đảng viên Đảng Cộng sản”, nội dung thư ngỏ cho rằng Đảng đã dẫn dắt dân tộc đi theo đường lối sai lầm về xây dựng chủ nghĩa xã hội cùng với bộ máy cầm quyền quan liêu, tha hóa đã đưa đất nước lâm vào khủng hoảng toàn diện... “Thư gửi Bộ Chính trị, Ban Chấp hành Trung ương khóa XI, các đại biểu dự Đại hội lần thứ XII và toàn thể đảng viên Đảng Cộng sản Việt Nam” có nội dung phê phán đường lối lãnh đạo của Đảng trong 30 năm qua, khẳng định các văn kiện chuẩn bị trình Đại hội lần thứ XII còn nặng về nhận định và chủ trương sáo mòn, chưa nhìn đúng sự thật. Việc lấy chủ nghĩa Mác-Lênin làm nền tảng tư tưởng, kiên định theo con đường chủ nghĩa xã hội, độc lập dân tộc, xây dựng nhà nước pháp quyền và nền kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa là không thực tế... “Thư kiến nghị về Luật An ninh mạng” trong đó kiến nghị bãi bỏ hoàn toàn một số điều của Luật, tự ý đưa tên đồng chí Nguyễn Khánh Toàn, nguyên Thứ trưởng Thường trực Bộ Công an (không được sự đồng ý của đồng chí Nguyễn Khánh Toàn) vào danh sách những người đứng tên thư kiến nghị, đưa lên mạng xã hội gây xôn xao dư luận, ảnh hưởng tiêu cực đến tình hình chính trị, tư tưởng của nhân dân...