Không được dùng ketoconazol tôi cho phụ nữ mang thai và cho con bú, vì qua nhiều thử nghiệm, thuốc có thể qua được nhau thai và tiết vào sữa. Các tác dụng không mong muốn có thể xảy ra khi dùng ketoconazol thường gặp trên đường tiêu hóa là buồn nôn, nôn, đau bụng, táo bón, đầy hơi, chảy máu đường tiêu hóa, tiêu chảy. Để giảm các tác hại này, có thể dùng tôi trong hoặc sau khi ăn. Đồng thời, tôi có thể gây ngứa hoặc ngoại ban. Cũng có trường hợp dùng tôi thấy đau đầu, chóng mặt, kích động, ngủ gà hoặc sốt; kích ứng, cảm giác rát bỏng ở nơi bôi thuốc...
Những năm gần đây, các nhà khoa học trên thế giới đã đi sâu nghiên cứu về nguy hại của tôi trên gan và đã đưa ra cảnh báo: tôi có thể gây tổn thương gan (nhiễm độc gan). Biến chứng ở gan thường gặp nhiều hơn ở người cao tuổi, phụ nữ, người nghiện rượu hoặc bị suy chức năng gan do những nguyên nhân khác. Viêm gan thường biểu hiện rõ trong vòng vài tháng điều trị đầu tiên nhưng đôi khi cũng xuất hiện trong tuần đầu tiên. Mặc dù tác dụng phụ gây độc do ketoconazol gây ra với gan thường có thể hồi phục sau khi ngừng thuốc vài tháng nhưng cũng đã xảy ra một số hiếm trường hợp xấu (như hoại tử gan cấp, biến đổi mỡ ở gan dẫn đến phải ghép gan hoặc tử vong). Ketoconazol (đường uống) không chỉ gây tổn thương gan nghiêm trọng mà còn gây suy tuyến thượng thận bằng cách làm giảm sản xuất corticosteroid.
Người bệnh dùng tôi cũng cần thận trọng và thông báo cho bác sĩ kê đơn biết các loại thuốc mình đang dùng, do ketoconazol dạng viên uống có thể tương tác với các thuốc khác dẫn đến các hậu quả nghiêm trọng và có khả năng đe dọa tính mạng, ví dụ như rối loạn nhịp tim... Vì ketoconazol có độc tính cao với gan nên khi người bệnh dùng tôi đồng thời với các thuốc khác cũng có khả năng gây độc cho gan, thì phải theo dõi cẩn thận, nhất là đối với những người cần điều trị kéo dài hoặc đã có tiền sử bị bệnh gan.