Con đường này được phân chia khu vực rất chặt chẽ. Nơi chế biến thức ăn thô là miệng và dạ dày. Tiếp đến là là ruột non, ở đây thức ăn được bị nghiền nát tiếp tục được bẻ gẫy thành các phân tử hóa học nhỏ hơn để hấp thu qua gan vào máu. Quá trình diễn ra ở ruột non không có sự tham gia của vi khuẩn mà chỉ có các men tiêu hóa nguồn gốc hóa học mà thôi. Để hoạt động hấp thu dinh dưỡng diễn ra bình thường, mỗi ngày có gần 10 lít dịch tiêu hóa được tiết ra nhào trộn rồi lại được hút trở lại.
Sau khi hấp thu phần lớn ở ruột non, các chất còn thừa đổ vào đại tràng, là khu nhà máy vi sinh. Ở đây có khoảng 300-500 loài vi khuẩn với tổng lượng xấp xỉ 100 NGHÌN TỈ (gấp 10 nghìn lần dân số trái đất). Chỉ có 15% nhóm này là có hại, và bị kìm hãm bởi bọn có lợi chiếm 85% kia.
Các vi sinh vật rất cần mẫn tiêu hóa nốt các thức ăn thừa còn lại, rồi chính chúng sinh ra thêm các vitamin nhóm B, K…cung cấp thêm cho vật chủ. Vậy là đại tràng vừa hấp thu nốt dinh dưỡng và khoáng chất, vừa hấp thu nốt nước. Nếu thức ăn đọng lại ở đây lâu quá sẽ gây táo bón, nếu nhanh quá sẽ gây tiêu chảy.
Cuối cùng, khi chất cặn bã đủ nhiều, chúng tạo áp lực lên thành trực tràng và chúng ta có cảm giác buồn đại tiện, cám giác đó sẽ kích thích cơ hậu môn mở ra. Chính cơ chế này làm cho những viêm nhiễm ở vùng xung quanh trực tràng (viêm phần phụ ở phụ nữ, viêm bàng quang…) cũng đều gây cảm giác buồn đại tiện mặc dù trong đại tràng rỗng.
Quay trở lại thụt đại tràng bằng nước cà phê, hành động bơm nước vào đại tràng chỉ có tác dụng tốt khi bị táo bón mà thôi. Còn lại nó sẽ hòa loãng mọi thứ trong đại tràng giúp chất cặn bã được tống ra rất nhanh, trực tràng chưa kịp cảm giác gì đã đại tiện xong rồi. Nếu hành động này lặp lại liên tục, hệ thần kinh tự động sẽ hiểu là không cần cảm giác buồn đại tiện nữa, từ đó không thụt là không đại tiện được.
Một điều nữa là khi tống tháo liên tục như thế, hàng trăm nghìn tỉ vi khuẩn cũng bị rửa trôi mà không kịp sinh sôi thế hệ mới. Và hậu quả là loạn khuẩn ruột, thức ăn không thể tiêu hóa được triệt để. Nhiều người mệt sẽ rủ nhau bổ xung thêm probiotic-men vi sinh. Nhưng lại không biết rằng men vi sinh chỉ có chứa duy nhất 1 loài vi khuẩn, trong khi trong ruột có hàng nghìn vi khuẩn, cho nên bổ sung men vi sinh cũng không thể thay thế hoàn toàn 300-500 loài vi khuẩn đa dạng của đường ruột được. Phải chờ rất lâu các vi khuẩn còn sót lại mới hồi phục như xưa.
Vậy nên, nếu thụt hậu môn 1 vài lần thì cơ thể chưa kịp làm sao người ta chủ quan. Nhưng nếu thụt làm nhiều lần thì vô cùng nguy hiểm.