Nhưng do thuốc đã có tỷ lệ kháng khá cao nên được chuyển sang mục đích dự phòng. Tuy nhiên gần đây, Bộ Y tế Canada đã tìm thấy những bằng chứng cho thấy các tác dụng phụ kéo dài, có thể là vĩnh viễn về thần kinh do sử dụng loại thuốc này.
Cụ thể, đến 30/9/2016, y tế Canada đã nhận được 27 báo cáo trong nước, trong đó có 17 báo cáo về các tác dụng bất lợi trên hệ thần kinh kéo dài 90 ngày trở lên khi sử dụng mefloquine và 10 báo cáo về tác dụng phụ có thể kéo dài vì thời gian được xác định có phản ứng này là 30 đến 90 ngày nhưng bệnh nhân chưa hồi phục. Ngoài ra, có 37 báo cáo quốc tế (từ các cơ sở dữ liệu và tài liệu đã công bố) cũng cho biết về các tác dụng phụ kéo dài 90 ngày hoặc hơn, bao gồm 5 báo cáo về thiệt hại vĩnh viễn đối với hệ thống tiền đình. Bên cạnh đó, thông tin về sản phẩm hiện tại của Canada đối với mefloquine cảnh báo về các phản ứng phụ về thần kinh tâm thần bao gồm trầm cảm, ù tai (tiếng ồn liên tục hoặc “chuông” trong tai), hoa mắt hoặc chóng mặt (cảm giác chuyển động của bản thân hoặc môi trường xung quanh). Những tác dụng ngoại ý này có thể kéo dài hằng tháng hoặc nhiều năm sau khi ngưng dùng thuốc.
Vì nguyên nhân này, y tế Canada sẽ làm việc với nhà sản xuất để cập nhật phần thông tin về dược phẩm dành cho bệnh nhân để họ tham khảo ý kiến của chuyên gia chăm sóc sức khỏe nếu xảy ra các tác dụng phụ và để được kê toa một loại thuốc khác nhằm phòng ngừa bệnh sốt rét. Bên cạnh đó, y tế Canada cũng sẽ đưa ra một danh sách kiểm tra tác dụng phụ để hỗ trợ các chuyên gia chăm sóc sức khỏe trong việc quyết định kê đơn mefloquine cho từng bệnh nhân cụ thể.
Các tác dụng phụ thường gặp đã được biết đến của mefloquine là chóng mặt, buồn nôn, nôn, tiêu chảy (những triệu chứng này xuất hiện vài giờ sau khi uống thuốc, tồn tại trong 24-36 giờ và mất đi trước ngày thứ 4), hiếm gặp hơn là chậm nhịp xoang, đau cơ, rụng tóc, mạch không ổn định, rối loạn thị giác... Thuốc cũng không được dùng cho các trường hợp mắc bệnh tâm thần, động kinh, có tiền sử nhạy cảm với mefloquine hoặc các chất có cấu trúc liên quan như chloroquine, quinine, quinidine, người suy gan, thận nghiêm trọng hoặc những người đang vận hành máy móc.