Khi bị bệnh lý hô hấp có đờm nhầy quánh như trong viêm phế quản cấp và mạn tính, một trong các thuốc hay được sử dụng đó là acetylcystein. Thuốc có tác dụng làm giảm độ quánh của đờm và tạo thuận lợi để tống đờm ra ngoài bằng phản xạ ho, dẫn lưu tư thế hoặc bằng phương pháp cơ học.
Do nguy cơ phản ứng co thắt phế quản với tất cả các dạng thuốc chứa acetylcystein nên không dùng thuốc cho người có tiền sử hen hoặc quá mẫn với thuốc. Khi dùng thuốc, phải giám sát chặt chẽ người bệnh có nguy cơ phát hen ở người bệnh (tuy hiếm gặp co thắt phế quản rõ ràng trong lâm sàng do thuốc nhưng vẫn có thể xảy ra với tất cả các dạng thuốc có chứa acetylcystein). Trường hợp vô tình dùng thuốc cho người có tiền sử dị ứng, nếu có co thắt phế quản phải dùng thuốc phun mù giãn phế quản như salbutamol và phải ngừng ngay acetylcystein.
Cần lưu ý, khi dùng thuốc tiêu đờm acetylcystein có thể xuất hiện nhiều đờm loãng ở phế quản, người bệnh sẽ có phản xạ ho để tống đờm ra khỏi cơ thể. Trường hợp người bệnh giảm khả năng ho, nhất là với người già và trẻ nhỏ cần phải hút để lấy đờm ra. Không được dùng đồng thời các thuốc ho khác hoặc bất cứ thuốc nào làm giảm bài tiết phế quản trong thời gian điều trị bằng acetylcystein.
Khi dùng thuốc người bệnh hay gặp bất lợi do thuốc gây ra như buồn nôn, nôn (khắc phục bằng cách: dùng dung dịch acetylcystein pha loãng có thể giảm khả năng gây nôn nhiều do thuốc). Ngoài ra, ít gặp hơn là các bất lợi như buồn ngủ, nhức đầu, ù tai, viêm miệng, chảy nước mũi nhiều, phát ban, mày đay...
Do thuốc có phản ứng với một số kim loại, đặc biệt là sắt, niken, đồng, cao su nên cần tránh để thuốc tiếp xúc với các chất này cũng như không được dùng các máy phun mù có các thành phần bằng kim loại hoặc cao su. Acetylcystein tương kỵ với các dung dịch chứa kháng sinh (penicillin, tetracyclin, erythromycin), thuốc chống nấm amphotericin B... Vì vậy, khi có chỉ định dùng một trong các kháng sinh đó ở dạng khí dung thuốc đó phải được phun mù riêng.