Ông Nguyễn Thanh Long sinh ngày 3/9/1966 tại xã Bạch Long, huyện Giao Thủy, tỉnh Nam Định. Ông là Giáo sư, Tiến sĩ y học.
Từ năm 1995 đến năm 2003, ông là chuyên viên Vụ Y tế dự phòng, Bộ Y tế. Từ tháng 12/2003 đến tháng 5/2005 là Trưởng phòng Kiểm soát và phòng chống HIV/AIDS, Cục Y tế dự phòng và phòng chống HIV/AIDS, Bộ Y tế.
Từ tháng 6/2005 đến tháng 3/2008, ông là Phó Cục trưởng Cục phòng chống HIV/AIDS, Bộ Y tế. Từ tháng 3/2008 đến tháng 11/2011 là Cục trưởng Cục phòng chống HIV/AIDS. Từ tháng 12/2011 đến tháng 10/2018, ông là ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng Bộ Y tế.
Ông có 7 năm đảm nhiệm cương vị Thứ trưởng Bộ Y tế trước khi được Ban Bí thư điều động, bổ nhiệm giữ chức Phó trưởng ban Tuyên giáo Trung ương.
