Tư lệnh quân đội Indonesia cho biết, toàn bộ thủy thủ đoàn 53 người được xác nhận đã thiệt mạng.
Lực lượng quân đội đã tìm thấy các mảnh vỡ và các đồ vật từ chiếc tàu ngầm như mỏ neo, các bộ quần áo bảo hộ dành cho thủy thủ đoàn, các tấm nệm để quỳ gối cầu nguyện… Gia đình các nạn nhân mong sớm tìm được thi thể của người thân.
Vụ mất tích của tàu ngầm KRI Nanggala dẫn tới một chiến dich tìm kiếm quốc tế, với sự tham gia giúp đỡ của Mỹ, Australia, Singapore, Malaysia và Ấn Độ.
Theo kết luận ban đầu, tàu ngầm được phát hiện ở độ sâu hơn 800m, độ sâu quá cao so với thiết kế của tàu. Con tàu chỉ có lượng ôxy đủ dùng cho 3 ngày.