Theo một nghiên cứu từ năm 2017, những bệnh nhân sử dụng omeprazole (prilosec và zegerid) có thể trải qua mức gia tăng lên đến 500% nồng độ gastrin và kết quả là lượng gastrin dư thừa này có thể làm tăng nguy cơ ung thư. Ngay từ năm 2010, Cơ quan Quản lý Thuốc và Thực phẩm Mỹ (FDA) cũng đã phải đưa ra một số khuyến cáo an toàn có liên quan đến những tác động đáng kể khi sử dụng PPIs với liệu trình dài ngày. Đó là làm gia tăng nguy cơ gãy xương, hạ magie huyết, tiêu chảy có liên quan đến khuẩn Clostridium difficile, sự thiếu hụt vitamin B12, viêm thận kẽ cấp tính (AIN), các rối loạn trên da, hội chứng Lupus ban đỏ hệ thống...
Bất chấp những rủi ro đã biết, PPIs vẫn là loại thuốc được kê đơn rộng rãi nhất. Mặc dù ngày càng có nhiều bác sĩ cân nhắc về việc sử dụng PPIs và thậm chí không kê đơn, nhưng thuốc vẫn bị lạm dụng và thường được dùng sai cách. Thậm chí nhiều bệnh nhân sử dụng thuốc này như một thuốc OTC vượt ra ngoài tầm liệu trình khuyến cáo mà không hề có bất kỳ sự giám sát nào.
Tuy nhiên, có thể có những lựa chọn thay thế, bao gồm thay đổi chế độ ăn uống và lối sống cũng như phương pháp điều trị. Bác sĩ cũng có thể thay thế một nhóm thuốc khác như thuốc đối kháng thụ thể H2 (pepcid và tagamet) hoặc thuốc kháng axit OTC đơn giản khác.
Đối với những bệnh nhân đã nhận được kê đơn thuốc của bác sĩ điều trị cũng nhận được khuyến cáo không nên ngừng sử dụng thuốc. Bất kỳ thay đổi trong điều trị nên được thảo luận với bác sĩ hoặc chuyên gia chăm sóc sức khỏe trước khi những thay đổi đó được thực hiện.