Tổ hợp ga Ngọc Hồi được xây dựng vừa là nhà ga trung chuyển, vừa là khu depot (nơi lập tàu, tập kết tàu, thực hiện bảo dưỡng, sửa chữa tàu và các tác nghiệp kỹ thuật khác). Đây sẽ là Depot lớn nhất Việt Nam, tàu khách tuyến Quốc gia sẽ dừng ở ga này để giảm ách tắc cho nội đô thay vì dừng ở ga Hà Nội như hiện nay. Còn ga Hà Nội sẽ được nâng lên thành ga trên cao nhiều tầng, đóng vai trò là ga trung chuyển.