Các nghiên cứu về việc sử dụng thuốc này trên phụ nữ mang thai đã chỉ ra khả năng làm gia tăng nguy cơ dị tật vùng mặt nhẹ (sứt môi và hở hàm ếch) ở trẻ có mẹ dùng thuốc trong 3 tháng đầu của thai kỳ. Một nghiên cứu thuần tập trên 1,8 triệu phụ nữ có thai cho thấy cứ 10.000 phụ nữ có sử dụng ondansetron trong 3 tháng đầu thai kỳ thì nguy cơ tăng thêm 3 ca xuất hiện biến cố so với nhóm không phơi nhiễm với nguy cơ tương đối tăng thêm 24%.
Sau khi đánh giá tất cả các dữ liệu trong các y văn và các báo cáo, Cơ quan Dược phẩm châu Âu (EMA) đã sửa đổi thông tin sản phẩm (SPC) của ondansetron. Theo đó, không nên kê đơn ondansetron trong 3 tháng đầu của thai kỳ và thay thế bằng các thuốc chống nôn khác có thể được sử dụng trong giai đoạn này.
Nhân viên y tế cần thông báo cho bệnh nhân hiểu về những nguy cơ tiềm tàng liên quan đến điều trị bằng ondansetron trong 3 tháng đầu của thai kỳ cũng như cần sử dụng biện pháp tránh thai hiệu quả ở phụ nữ trong độ tuổi sinh đẻ khi điều trị bằng ondansetron. Việc sử dụng thuốc trong khi mang thai nên được thảo luận với bệnh nhân và nên sử dụng thuốc với liều thấp nhất có hiệu quả, trong thời gian ngắn nhất và đánh giá lại với mọi đơn thuốc.
Với phụ nữ đang trong 3 tháng đầu của thai kỳ có buồn nôn và nôn nghiêm trọng và/hoặc đang được điều trị bằng ondansetron, cần thảo luận với nhân viên y tế về các biện pháp điều trị buồn nôn và nôn có thể được sử dụng trong giai đoạn này. Với phụ nữ đang trong quý thứ 2 hoặc thứ 3 của thai kỳ và đã dùng ondansetron trong 3 tháng đầu, cần lưu ý báo cáo về việc dùng thuốc này với nhân viên y tế để được theo dõi trong khi mang thai. Phụ nữ trong độ tuổi sinh đẻ và được điều trị bằng ondansetron nên sử dụng một biện pháp tránh thai hiệu quả trong quá trình điều trị và có thể gặp nhân viên y tế để được tư vấn về vấn đề này.