Kháng sinh cũng giống như các loại thuốc khác, trong quá trình sử dụng có thể gặp các tác dụng phụ. Tăng nguy cơ mắc polyp đại tràng khi dùng thuốc hơn hai tuần là một cảnh báo mới về tác dụng không mong muốn mới được các nhà khoa học Mỹ đưa ra sau khi thực hiện nghiên cứu dài ngày ở phụ nữ trên 60 tuổi.
Trong nghiên cứu này, đã có 16.640 phụ nữ Mỹ trên 60 tuổi được yêu cầu điền vào bảng câu hỏi hai năm một lần về việc sử dụng kháng sinh, bắt đầu từ năm 1976. Sau khi đã loại trừ nhiều yếu tố liên quan đến tăng nguy cơ ung thư đại trực tràng, bao gồm chế độ ăn uống kém, tiền sử gia đình mắc ung thư đại trực tràng, đái tháo đường, chỉ số cơ thể (BMI), hút thuốc lá và thiếu tập thể dục. Kết quả cho thấy, trong số hơn 16 nghìn phụ nữ được nghiên cứu, những người sử dụng kháng sinh mắc polyp đại tràng cao hơn 7% so với những phụ nữ chưa bao giờ dùng kháng sinh. Phụ nữ sử dụng kháng sinh từ hai tháng tuổi trở lên trong độ tuổi 20-39 có nguy cơ gia tăng nguy cơ polyp 36%, phụ nữ sử dụng kháng sinh từ hai tháng tuổi trở lên trong độ tuổi từ 40 - 59 có nguy cơ cao hơn 69% đối với polyp. So với những phụ nữ không sử dụng kháng sinh trong độ tuổi từ 20 - 39 và 40 - 59, phụ nữ dùng kháng sinh từ 15 ngày trở lên trong cả hai thời kỳ này đã có 73% nguy cơ bị polyp đại tràng.
Polyp đại tràng không phải là u nhưng là một tổn thương có hình dạng giống như một khối u, có cuống hoặc không cuống, do niêm mạc đại tràng và tổ chức dưới niêm mạc tăng sinh tạo thành. Đa số polyp là lành tính nhưng một số có khả năng trở thành ác tính (ung thư). Trong khi đó, thuốc kháng sinh có tác dụng diệt vi khuẩn gây bệnh nhưng cũng giết chết một số vi khuẩn có lợi sống trong ruột dẫn đến sự mất cân bằng dẫn đến phát sinh khối u hay ung thư. Mặc dù kết luận của các nhà khoa học mới chỉ đề cập đến phụ nữ nhưng trong tình trạng thuốc kháng sinh đã được sử dụng quá mức trong quá khứ và hiện tại thì nghiên cứu này là một lời cảnh báo rằng chúng chỉ nên được sử dụng khi cần thiết. Cơ quan Dịch vụ y tế quốc gia Anh (NHS) khuyến cáo, nếu bất kỳ người bệnh nào đang sử dụng kháng sinh do bác sĩ kê toa để điều trị nhiễm trùng thì biện pháp tốt nhất để ngăn ngừa kháng thuốc cũng như nguy cơ polyp hay ung thư ruột là tuân theo chỉ định về liều lượng và thời gian sử dụng, tránh tự ý dùng thuốc dài ngày.