Khó khăn của đội bóng Đông Á Thanh Hóa bắt đầu bộc lộ từ cuối tháng 8/2025, sau khi Chủ tịch CLB Bóng đá Đông Á Thanh Hóa Cao Tiến Đoan bị khởi tố, bắt tạm giam để điều tra các vi phạm liên quan đến kế toán và hoạt động bán đấu giá tài sản.
Dù Công ty TNHH MTV Bóng đá Đông Á Thanh Hóa vẫn tiếp tục quản lý đội bóng, song việc thiếu nguồn lực tài chính đã ảnh hưởng lớn đến hoạt động của CLB, khiến nhiều cầu thủ chia tay đội bóng.
Hiện các cầu thủ đã trở lại tập trung tại "đại bản doanh" để chuẩn bị cho mùa giải 2026 – 2027. Tuy nhiên, đội vẫn chưa thể bước vào tập luyện chuyên môn do những vấn đề liên quan đến công tác điều hành và tương lai của CLB vẫn đang chờ được giải quyết.
Trước bối cảnh khó khăn chồng chất sau một mùa giải đầy biến động, Công ty TNHH MTV Bóng đá Đông Á Thanh Hóa đã có văn bản đề nghị về việc "trả đội bóng".

Việc sớm tháo gỡ khó khăn để duy trì và phát triển đội bóng là kỳ vọng của đông đảo người dân Thanh Hóa.
Sau khi xem xét đề nghị của doanh nghiệp, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hóa Đầu Thanh Tùng đã ký văn bản giao Sở Văn hóa, Thể thao và Du lịch chủ trì, phối hợp với các sở, ngành, đơn vị liên quan căn cứ quy định của pháp luật và tình hình thực tế để nghiên cứu, giải quyết các kiến nghị, bảo đảm kịp thời, đúng quy định.
Trước đó, ngày 9/7, Thường trực Tỉnh ủy cũng đã làm việc với Liên đoàn Bóng đá Việt Nam, thảo luận giải pháp phát triển bóng đá Thanh Hóa theo hướng chuyên nghiệp, bền vững.
Lãnh đạo tỉnh Thanh Hóa cho biết sẽ rà soát, tháo gỡ những khó khăn trong hoạt động của CLB, bảo đảm quyền lợi chính đáng của huấn luyện viên, cầu thủ, đồng thời tích cực tìm kiếm nhà đầu tư, nhà tài trợ có đủ năng lực để đồng hành lâu dài cùng đội bóng.
Trải qua hơn sáu thập kỷ tính từ thời điểm ra đời năm 1962, đội bóng đã mang về nhiều danh hiệu ở đấu trường quốc nội, trở thành biểu tượng thể thao, niềm tự hào của nhiều thế hệ người hâm mộ bóng đá xứ Thanh.