Trong quá trình hội nhập và phát triển, đến nay nước ta đã có 113 nhà máy sản xuất thuốc đạt tiêu chuẩn GMP - WHO, với trên 13.268 sản phẩm trong nước được cấp số lưu hành của hơn 500 hoạt chất, sản xuất vaccin trong nước đã đáp ứng được 100% nhu cầu cho Chương trình TCMR… Tuy đã đạt được một số thành công trên nhưng hiện nay, ngành dược Việt Nam vẫn phải đối mặt với nhiều khó khăn như Việt Nam là nước có nhiều tài nguyên nhưng ngành công nghiệp sản xuất nguyên liệu làm thuốc hầu như chưa đáp ứng được yêu cầu, trên 90% nguyên liệu phải nhập khẩu; công nghệ bào chế các dạng thuốc ở trình độ trung bình; là nước có nền y học cổ truyền lâu đời và nguồn nguyên liệu phong phú nhưng số chế phẩm từ dược liệu được sản xuất ở quy mô công nghiệp có giá trị dự phòng, chữa bệnh hoặc xuất khẩu vẫn còn ít.
Với 4 chức năng và 11 nhiệm vụ, VCNDP được thành lập có phạm vi hoạt động rất lớn như nghiên cứu, đào tạo, hợp tác và chuyển giao công nghệ dược phẩm.