Trong lúc báo chí phản ánh, Nhà máy xi măng đã tuân thủ được một thời gian, vừa rồi, cơn bão số 4 đi qua trên địa bàn tỉnh Quảng Bình gây mưa to trong nhiều ngày, lợi dụng những lúc mưa, nhà máy tiếp diễn xả nhiều khói, bụi độc hại. Trong đợt kiểm tra gần đây vào tối 9/10/2011 của Chi cục Bảo vệ môi trường Quảng Bình đã bắt quả tang Nhà máy xi măng Thanh Trường xả khói bụi.
Một cán bộ Chi cục Bảo vệ môi trường Quảng Bình cho biết, kết quả về mức độ ô nhiễm môi trường lần này như thế nào sẽ có báo cáo cụ thể sau, nhưng quan sát thực tế của đoàn kiểm tra khẳng định tình trạng ô nhiễm môi trường từ Nhà máy xi măng Thanh Trường là hoàn toàn có cơ sở.
Tại Quyết định số 19/QĐ-XPHC xử phạt hành chính về bảo vệ môi trường của Chánh thanh tra Bộ Tài nguyên - Môi trường đã nêu rõ, lý do xử phạt Nhà máy xi măng Thanh Trường là do nhà máy không xây lắp công trình xử lý đúng theo nội dung báo cáo đánh giá tác động môi trường đã được phê duyệt. Thải khói, bụi vượt quy chuẩn kỹ thuật về chất thải dưới 1,5 lần trong trường hợp lưu lượng khí thải nhỏ hơn 500m3/giờ. Cơ quan chức năng đã xử phạt nhà máy này với số tiền là 151,5 triệu đồng.