Trong thời gian qua, sự song trùng quản lý giáo dục và đào tạo giữa Bộ Lao động, Thương binh và Xã hội và Bộ Giáo dục và Đào tạo đã gây ra những bất cập về quản lý, đi ngược với chủ trương cải cách hành chính của Đảng và Nhà nước, ảnh hưởng đến hiệu quả đầu tư nâng cao chất lượng đào tạo nguồn nhân lực. Đây là một trong những nội dung tại tờ trình của Bộ Giáo dục và Đào tạo tới Chính phủ. Theo đó, sự song trùng quản lý giáo dục và đào tạo giữa Bộ Lao động, Thương binh và Xã hội và Bộ Giáo dục và Đào tạo đã gây ra những bất cập về quản lý, làm mất đi tính chỉnh thể của hệ thống giáo dục và đào tạo gây khó khăn lớn cho công tác phân luồng học sinh và liên thông trong toàn hệ thống giáo dục quốc dân.
Thực tế hiện tại Bộ Giáo dục và Đào tạo quản lý nhà nước từ giáo dục mầm non, giáo dục phổ thông, giáo dục trung cấp chuyên nghiệp, cao đẳng, đại học và sau đại học còn Bộ Lao động, Thương binh và Xã hội quản lý hai bậc học giữa là trung cấp nghề và cao đẳng nghề.
Vấn đề đặt ra ở đây là mỗi năm theo số liệu thống kê có khoảng từ 250-300 nghìn học sinh tốt nghiệp THCS hoặc bỏ học THCS không vào học THPT, trong đó có khoảng 50 nghìn học sinh vào học các trường trung cấp. Tuy nhiên, do phân công quản lý hiện tại ngành lao động không thể can thiệp được vào các trường phổ thông để thực hiện công tác giáo dục hướng nghiệp vốn do Sở Giáo dục thực hiện. Bên cạnh đó, liên thông giữa dạy nghề và giáo dục đại học ách tắc do không thống nhất chuẩn đầu ra ở các trình độ vì một bên đào tạo theo tín chỉ, còn bên kia đào tạo theo môn học hoặc mô đun với tiêu chuẩn kiểm định khác nhau nên người học chịu thiệt thòi trong quá trình công nhận miễn trừ những nội dung đã học ở các trường đại học. Liên thông khó khăn gây ảnh hưởng đến công tác phân luồng vào giáo dục nghề nghiệp. Không những thế, các quy chế về tuyển sinh, đào tạo, tiêu chuẩn giáo viên… mỗi Bộ đều làm riêng khiến vừa tốn phí trong xây dựng văn bản quy phạm pháp luật vừa chồng chéo các văn bản quản lý. Nhiều trường nghề được thành lập nhưng không tuyển được học sinh. Nhiều trường trung cấp nghề, cao đẳng nghề, trung tâm dạy nghề đầu tư xây dựng khang trang nhưng thiếu vắng người học hoặc bỏ hoang. Khó khăn trong tuyển sinh học nghề đã làm cho hệ thống dạy nghề càng thiếu ổn định và lãng phí mà nguyên nhân là do sự quản lý không thống nhất.
Từ thực tế trên cho thấy việc quản lý nhà nước về giáo dục đào tạo hiện nay không phù hợp với thực tiễn thế giới về quản lý giáo dục đào tạo. Điều đó gây khó khăn trong việc hợp tác về giáo dục đào tạo đàm phán quốc tế, công nhận văn bằng chứng chỉ giữa các quốc gia. Vì vậy, cần đặt công tác quản lý nhà nước về giáo dục nghề nghiệp trong một hệ thống giáo dục thống nhất nhằm chuẩn hóa, giảm bớt đầu mối quản lý, tạo điều kiện dễ dàng cho hội nhập quốc tế, thúc đẩy phân luồng và liên thông. Đây là cơ hội đẩy mạnh cải cách hành chính trong lĩnh vực giáo dục đào tạo, góp phần nâng cao chất lượng, hiệu quả đào tạo nhân lực cho đất nước.