Đa số trường hợp nhiễm Chlamydia không được phát hiện vì không có triệu chứng lâm sàng rõ ràng hoặc rất mờ nhạt. Thời gian ủ bệnh khoảng 5-15 ngày. Nữ thấy ra chút ít dịch hơi đục, có thể trắng đục hoặc vàng đục... Dịch này không gây mùi, không gây quá khó chịu làm người nhiễm bệnh không đi khám. Một số trường hợp có biểu hiện rõ ràng, người bệnh khó chịu phải đi khám gọi là cấp tính. Trong trường hợp này thường có thêm một vài vi sinh vật khác kết hợp cùng gây bệnh, gọi là nhiễm khuẩn phối hợp. Biểu hiện rõ ràng nhất khi nhiễm Chlamydia và gây bệnh ở mức độ khá nặng là: Ở phụ nữ: buốt khi đi tiểu, hoặc muốn đi tiểu nhiều lần; âm đạo tiết dịch bất thường, ngứa hay rát; đau bụng hoặc đau khi quan hệ tình dục; Đau nhiều khi có kinh. Ở nam giới: Dương vật tiết dịch hơi trắng hay vàng; bỏng rát khi tiểu; rát và ngứa quanh bao quy đầu; Đau ở hậu môn hay tinh hoàn hoặc lúc xuất tinh. Chlamydia còn là nguyên nhân gây bệnh u hạch bạch huyết hoa liễu, biểu hiện là phù nề các bộ phận sinh dục ngoài, sưng đau hạch bẹn.
Cách thức lây truyền Chlamydia chủ yếu chỉ lây truyền qua giao hợp không bảo vệ, theo mọi hình thức (âm đạo, hậu môn, miệng). Ngoài ra, vi khuẩn Chlamydia còn có thể lây truyền từ mẹ sang thai khi thai sinh thường. Chlamydia còn có thể gây bệnh ở trực tràng, kết mạc mắt, gan, mô mềm.
Ngoài việc gây ra các viêm nhiễm tại chỗ, Chlamydia còn ảnh hưởng không nhỏ tới sức khỏe sinh sản. Nhiễm Chlamydia ảnh hưởng đến khả năng sinh sản, gây ra là hiện tượng dính và bít tắc tử cung, vòi trứng, buồng trứng và các thành phần xung quanh hệ sinh sản nữ bị dính vào nhau bởi các dải xơ mỏng. Vòi trứng thường cũng bị tắc do các dải xơ làm gấp góc vòi trứng hoặc dính vòi trứng bị bít lại. Chlamydia được xem là nguyên nhân chính gây viêm cổ tử cung xuất tiết. Từ đây, Chlamydia có thể đi vào niệu đạo gây viêm niệu đạo, đi ngược lên đường sinh dục gây bệnh lý vùng chậu mà hậu quả có thể là thai ngoài tử cung hoặc vô sinh. Trong thai kỳ, Chla có thể gây vỡ ối non, nhiễm khuẩn ối, sinh non, nhiễm khuẩn hậu sản và nhiễm Chlamydia cho trẻ sơ sinh. Về lâu dài, nhiễm đồng thời Chla và HPV - một loại virut dễ có khả năng đưa đến ung thư cổ tử cung.
Ở nam giới, biến chứng chủ yếu do nhiễm Chlamydia là viêm tinh hoàn và viêm mào tinh hoàn, do đó có thể gây vô sinh. Một số nghiên cứu đang xem xét ảnh hưởng của Chlamydia lên chất lượng tinh trùng.
Do hậu quả của nhiễm Chlamydia gây ra không nhỏ, vì vậy, khi có những dấu hiệu khác lạ ở cơ quan sinh dục, cần đi khám chuyên khoa để được điều trị sớm nhất, tránh các biến chứng.