Do ảnh hưởng của bão Goni, tất cả các dịch vụ tàu cao tốc Shinkansen tuyến Kyushu đã phải dừng hoạt động, trong khi tuyến Sanyo phải dừng ở giữa Hiroshima và Hakata. Ngoài ra, hai hãng hàng không lớn nhất Nhật Bản là Japan Airlines và All Nippon Airways phải hủy ít nhất 100 chuyến bay nội địa và quốc tế.
Bão Goni cũng gây mất điện tạm thời, ảnh hưởng tới hơn 470.000 hộ gia đình tại đảo Kyushu. Giới chức địa phương đã yêu cầu người dân sơ tán tránh bão.
Theo Cơ quan Khí tượng Nhật Bản, lượng mưa đo được tại thành phố Unzen, tỉnh Nagasaki vào lúc 5h43 là 139 mm, mức cao nhất từ trước đến nay. Trong khi đó, sức gió đo được tại thành phố Makurazaki, tỉnh Kagoshima là 165,24 km/h.
Dự báo trong 24h tới, bão Goni sẽ tiếp tục di chuyển theo hướng Bắc Đông Bắc về phía thành phố Kurume, tỉnh Fukuoka với tốc độ 45km/h, sức gió 180 km/h. Các cơ quan chức năng của Nhật Bản đã đưa ra cảnh báo ngập lụt và sạt lở đất do bão Goni và khuyến cáo người dân không nên ra ngoài trong thời tiết mưa bão.
