Cảnh sát cũng tiến hành lệnh khám xét nhà riêng của bà Huyền.
Theo hồ sơ điều tra, khi còn là Phó Tổng giám đốc Công ty Vinfon, bà Nguyễn Thanh Huyền chỉ đạo các phòng nghiệp vụ thu, chi khống, tạo cơ hội cho bà tham ô 8,1 tỷ đồng. Tháng 5/2003, một công ty TNHH về xay lúa mì đã chuyển 400.000 USD tiền hỗ trợ phí chuyển nhượng liên doanh cho Công ty Vifon. Bà Huyền chỉ đạo hạch toán sai nguyên tắc, quy đổi ra tiền Việt Nam, dùng các thủ tục thu, chi khống và huy đồng vốn giả để rút 5,8 tỷ đồng.
Tháng 3/2005, Bộ Công nghiệp (nay là Bộ Công Thương) cho phép Vifon trích 7,9 tỷ đồng từ lợi nhuận chuyển nhượng góp vốn liên doanh với Ajinomoto và Acecook vào quỹ phúc lợi của Công ty. Với khoản tiền này, bà Huyền đã chỉ đạo phòng kế toán làm biên lai thu khống 2,2 tỷ đồng của bà Nguyễn Thị Thu Hiền với lý do tiền huy động vốn kỳ hạn 1 năm với lãi suất là 10,8% và lập phiếu chi khống cho Nguyễn Thị Nghiêm 2,26 tỷ đồng để hợp thức hoá cho phiếu thu huy động vốn nhằm cân đối sổ sách (tên Hiền, Nghiêm trong hóa đơn thu, chi đều là tên khống). Sau đó, bà Huyền rút 2,3 tỷ đồng để chiếm đoạt.
Sau khi bắt giam và khám xét nhà riêng của bà Huyền tại số 49/9, Hoàng Dư Khương, phường 12, quận 10, Thành phố Hồ Chí Minh, Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng cũng đã tiến hành kê biên ngôi biệt thự.