Chlorhexidine có mặt trong một loạt các chế phẩm khử khuẩn tại chỗ và trong miệng ở dạng kem, khăn lau, chất tẩy rửa, nước súc miệng, cấy ghép nha khoa, thuốc gây mê cục bộ, thuốc chống vi khuẩn... Một số ống thông (catheter) nằm trên cơ thể như ống thông nước tiểu hoặc tĩnh mạch trung tâm cũng có thể được tráng hoặc ngâm tẩm chlorhexidine để ngăn ngừa nhiễm khuẩn.
Cơ quan Quản lý thực phẩm và dược phẩm Hoa Kỳ (FDA) đã ban hành một thông cáo an toàn liên quan đến phản ứng dị ứng trầm trọng với các sản phẩm sát khuẩn có chứa chlorinexidine. Mặc dù hiếm gặp nhưng các phản ứng nghiêm trọng đã tăng lên trong năm thập kỷ qua và có thể đe dọa tính mạng như phản ứng phản vệ nếu không được cấp cứu kịp thời.
Bên cạnh đó, y tế Canada năm 2016 cũng đã ban hành một bản thông tin an toàn về rủi ro khi sử dụng chất khử trùng chlorhexidine tại chỗ. Mặc dù không phổ biến nhưng một số điều kiện có thể làm tăng nguy cơ sốc phản vệ như sử dụng chlorhexidine trong miệng, trên vết thương hở hoặc ngay trước khi hay trong quá trình phẫu thuật. Do đó, cơ quan này cũng đề nghị cập nhật thông tin về nguy cơ này trong các sản phẩm chứa chlorhexidine không theo toa.
Cơ quan Quản lý an toàn dược phẩm và thiết bị y tế New Zealand (Medsafe), Cơ quản Quản lý dược phẩm và sản phẩm y tế Anh (MHRA), Cơ quan Quản lý dược phẩm Úc (TGA), Cơ quan khoa học y tế Singapore (HSA) đều đã đưa ra cảnh báo về nguy cơ phản ứng dị ứng nghiêm trọng với chất khử trùng chứa chlorhexidine đồng thời yêu cầu các chuyên gia chăm sóc sức khỏe cần nắm được thông tin này cùng một sản phẩm thay thế nếu họ nghi ngờ một bệnh nhân có dị ứng với chlorhexidine. Đối với các trường hợp có tiền sử dị ứng với chlorhexidine thì cần kiểm tra kỹ nhãn sản phẩm hay hướng dẫn sử dụng để xác định sản phẩm có chứa chất này hay không. Khi người bệnh bị dị ứng với các biểu hiện nghiêm trọng như sưng mặt, phát ban, thở khò khè thì cần ngừng sử dụng sản phẩm và tìm kiếm chăm sóc y tế ngay.
