Cục Thủy lợi, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho biết: Việc vận hành công trình thủy lợi phòng, chống úng đã được chủ động thực hiện. Tuy nhiên, đã gặp khó khăn do mất điện và đặc biệt tình trạng lũ sông ngoài cao đã ảnh hưởng nghiêm trọng đến khả năng vận hành, nhiều công trình phải dừng vận hành dài ngày như các công trình dọc sông Cầu của hệ thống thủy lợi Bắc Đuống; dọc sông Đáy, sông Hồng của hệ thống thủy lợi Bắc Nam Hà,..
Hiện nay, công tác vận hành tiêu úng đang được tập trung cao độ, với dự báo chỉ có mưa nhỏ và lũ đang xuống nhanh, tình trạng ngập úng ở vùng Đồng bằng sông Hồng sẽ dần được giải quyết trong vòng 2 - 3 ngày tới.
Tính đến 17h ngày 14/9, các tỉnh khu vực Bắc Bộ đang vận hành 323 trạm bơm; trong đó, Phú Thọ 21 trạm bơm, Bắc Giang 15 trạm bơm, Bắc Ninh 27 trạm bơm, Hà Nội 62 trạm bơm, Hà Nam 16 trạm bơm, Vĩnh Phúc 7 trạm bơm, Hải Phòng 5 trạm bơm, Nam Định 5 trạm bơm, Thái Bình 14 trạm bơm... Khu vực Bắc Trung Bộ, tỉnh Thanh Hoá đã vận hành 57 công trình với 41 trạm bơm và 16 cống tiêu.
Mực nước sông Hồng hiện đang xuống nhanh. Đến 17h ngày 14/9, tại Hà Nội hiện ở mức 7,94 m (dưới báo động 1 là 1,56 m), mực nước sông Cầu tại Bắc Ninh cũng đang xuống dần, lúc 13h mực nước ở mức 6,8 m (trên báo động 3 là 0,5 m và giảm so với đỉnh lũ 0.98 m.
Tuy nhiên, mực nước trong các hệ thống thủy lợi và hệ thống sông đang ở mức cao, một số trạm bơm, cống đầu mối tiếp tục phải dừng bơm theo quy định và các trạm bơm nội đồng đang phải dừng bơm.
Hệ thống Bắc Đuống đã khôi phục vận hành một số trạm bơm tiêu ven sông Cầu, mực nước trong hệ thống đang giảm dần.Hệ thống Bắc Hưng Hả cống Cầu Xe, An Thổ mở thông suốt đêm qua và hôm nay; mực nước trong kênh trục giảm dần, tại Neo lúc 17h đạt 2,91 m, thấp hơn khoảng 4 cm so với 17h chiều qua.
Hệ thống Bắc Nam Hà đã khôi phục vận hành được 9/12 trạm (còn Kinh Thanh 1, Nhâm Tràng, Quỹ Độ chưa vận hành). Mực nước sông ngoài đang giảm dần, sẽ tiếp tục vận hành các trạm bơm còn lại khi điều kiện cho phép.
Hệ thống thủy lợi Sông Nhuệ tiếp tục dừng bơm nước vào hệ thống, hiện đang vận hành các trạm bơm đầu mối để tiêu nước (Ngoại Độ, Vân Đình, Khai Thái, Yên Nghĩa..).
Một số địa phương khác như Thái Bình, Hưng Yên,… cũng đã phải dừng nhiều trạm bơm tiêu nước do mực nước sông ngoài cao.
Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, tính đến 17h ngày 14/9, bão số 3 và mưa lũ đã ngập úng khoảng 117.165 ha lúa và khoảng 45.810 ha rau màu bị dập nát.