Dấm táo là một vị thuốc quý. Theo y học cổ truyền, dấm táo thuộc nhóm tiêu thực hóa tích, giúp tăng tiết dịch dạ dày, dịch tụy, dịch mật có tác dụng chủ yếu điều trị các chứng rối loạn tiêu hóa do ăn nhiều thịt, dầu mỡ, trẻ em ăn sữa không tiêu, giúp ăn ngon miệng...
Chính vì những tác dụng này mà nhiều người có thói quen sử dụng dấm táo thường xuyên. Tuy nhiên, khi sử dụng dấm táo những người đang dùng một số thuốc sau cần đặc biệt lưu ý: thuốc trợ tim như các glycosid trợ tim (digitalis), thuốc lợi tiểu bendroflumethiazide, chlorthalodone, hydrochlorothiazide, furosemid... thuốc nhuận tràng docusate, lactulose... Vì khi dùng đồng thời dấm táo với các thuốc này sẽ làm giảm, làm mất tác dụng của thuốc hoặc tăng độc tính của thuốc đối với cơ thể.
Ngoài ra, dấm táo cũng có một số tác dụng phụ như gây ra tình trạng ợ nóng và khó chịu đường tiêu hóa (nguyên nhân do lượng axit trong dấm táo không được trung hòa trong cơ thể). Đây là những khó chịu ở đường tiêu hóa rất phổ biến và gặp phải ở nhiều người, nhất là những người tiêu thụ quá nhiều dấm táo. Ngoài ra, có thể gặp tác dụng phụ khác như làm hỏng men răng, gây hạ kali máu, loãng xương.