Trong điều trị VKDT, thuốc thường được dùng 1 tuần/1 lần. Đây là điểm khác biệt với các thuốc thông thường khác (là phải dùng hàng ngày), người bệnh cần nhớ và tuân thủ. Không dùng thuốc cho người suy thận nặng, người suy dinh dưỡng, người bệnh có hội chứng suy giảm miễn dịch và người bệnh có rối loạn tạo máu trước như giảm sản tủy xương, giảm bạch cầu, giảm tiểu cầu, phụ nữ có thai (vì thuốc gây quái thai mạnh) và cho con bú... Thuốc này cũng phải dùng thận trọng ở người nghiện rượu, người có bệnh loét đường tiêu hóa, người cao tuổi và trẻ nhỏ.
Các bài tập nhẹ nhàng hỗ trợ điều trị viêm khớp dạng thấp.
Cần lưu ý, tuyệt đối người bệnh không được tự ý sử dụng thuốc này mà phải được thầy thuốc có kinh nghiệm chỉ định dùng và theo dõi sát sao trong quá trình dùng thuốc. Do thuốc có nhiều độc tính nên ở người bệnh dùng methotrexate liều thấp để chữa VKDT phải xét nghiệm chức năng gan, thận và máu trước khi điều trị ổn định, rồi sau đó từ 2 đến 3 tháng 1 lần. Nếu phát hiện có bất thường về chức năng gan cần ngừng thuốc. Ngoài ra, các tác dụng phụ thường gặp khi dùng thuốc này là: đau đầu, chóng mặt, viêm miệng, buồn nôn, nôn, tiêu chảy, chán ăn, rụng tóc, phan rứng da (phù da), tăng rõ rệt men gan, tăng nguy cơ nhiễm khuẩn. Loét niêm mạc miệng thường là dấu hiệu sớm của nhiễm độc thuốc, nhưng ở một số người bệnh sẽ bị ức chế tủy xương trước hoặc cùng với loét miệng. Trong quá trình điều trị, nếu gặp các biểu hiện trên, hoặc các triệu chứng và dấu hiệu gợi ý nếu bị nhiễm khuẩn, đặc biệt là viêm họng, khó thở hoặc ho... cần thông báo kịp thời cho thầy thuốc biết để được xử lý kịp thời như điều chỉnh thuốc hoặc thay thuốc (nếu cần). Tránh trường hợp gặp các tác dụng phụ của thuốc mà không biết hoặc không báo cho thầy thuốc khiến cho tình trạng của người bệnh trở nên nặng nề, phức tạp, khó chữa...
Bệnh diễn biến phức tạp, gây hậu quả nặng nề, vì vậy người bệnh cần được điều trị tích cực ngay từ đầu bằng các biện pháp điều trị hữu hiệu để làm ngưng hay làm chậm tiến triển của bệnh, hạn chế tàn phế và nâng cao chất lượng sống cho người bệnh.