Chùa Bích Động ban đầu mang tên Bạch Ngọc Thanh Sơn Đồng nghĩa là ngôi chùa đẹp, trong sáng như ngọc ngự ở chốn núi rừng thâm sâu. Theo tích xưa, năm 1705, vào đời vua Lê Dụ Tông, hai vị hòa thượng pháp danh là Trí Kiên và Trí Thể có cùng chí hướng là muốn truyền bá đạo Phật và xây dựng thêm những ngôi chùa ở khắp nơi. Khi đến Ninh Bình, thấy núi Bích Động có địa thế tuyệt đẹp và có chùa cũ sẵn. Hai vị sư quyết định sửa sang ngôi chùa cũ. Sau đó họ đi xin quyên góp và xây dựng thành ba ngôi cổ tự Hạ, Trung, Thượng để tu hành.