Cụ thể, chuyến bay VN36 cất cánh vào lúc 17h8 (giờ địa phương) với hành trình về Việt Nam. Tuy nhiên, sau đó khoảng 2 giờ, hành khách Choi Y, sinh năm 1992, quốc tịch Hàn Quốc ngồi tại số ghế 33B có dấu hiệu khó thở.
Phi hành đoàn khi đó đã kêu gọi sự trợ giúp y tế của các bác sỹ tự nguyện trên máy bay để tiến hành các biện pháp sơ cứu. Tuy nhiên, sau khi được kiểm tra và chăm sóc sơ bộ, sức khỏe hành khách không có biểu hiện tiến triển. Cơ trưởng đã quyết định xin hạ cánh khẩn cấp xuống sân bay Henri Coanda (thành phố Bucharest, Rumani).
Ngay khi hạ cánh, phi hành đoàn đã phối hợp cùng nhà chức trách sân bay tại Rumani liên hệ và đưa khách tới bệnh viện địa phương gần nhất, đồng thời làm thủ tục xuống tàu (off-load) cho 2 kiện hành lý.
Hiện, hành khách này vẫn ở lại Rumani để tiếp tục theo dõi. Chuyến bay sau đó cất cánh tại Rumani lúc 00h59 (giờ địa phương) ngày 30/9, dự kiến hạ cánh tại Hà Nội lúc 14h10 cùng ngày, chậm 8 giờ so với kế hoạch.