Theo kết quả điều tra, trong suốt thời gian từ năm 2012 đến hết năm 2016, trong vai trò là Chánh án TAND tỉnh, ông Phước đã cùng với 3 thuộc cấp của mình là Trương Công Lộc (phụ trách phòng kế toán), Huỳnh Thị Nhã Nhàn (thủ quỹ) và Ngô Thị Phương Thảo (kế toán viên) lập chứng từ khống để rút ruột số tiền hơn 1,3 tỷ đồng để chia nhau. Số tiền này do UBND tỉnh Phú Yên và TAND tối cao hỗ trợ cho TAND tỉnh Phú Yên để sử dụng vào mục đích: Tập huấn xét xử, tập huấn hội thẩm, chi tiêu thường xuyên, hỗ trợ lương, thưởng…
Ông Phước chỉ đạo trong cuộc thi Thẩm phán giỏi khi ông còn đương chức
Đến tháng 8/2017, một số cán bộ, nhân viên của TAND tỉnh Phú Yên thấy các khoản thù lao tập huấn bị cắt xén, vấn đề tài chính nhập nhằng nên đã làm đơn khiếu nại lên cấp trên. Qua thanh-kiểm tra phát hiện có việc lập khống hóa đơn, chứng từ để rút ruột công quỹ nên vụ việc được chuyển cho Công an tỉnh Phú Yên điều tra. Sau mấy tháng điều tra, Công an Phú Yên bắt giam Trương Công Lộc và Huỳnh Thị Nhã Nhàn. Đối với Ngô Thị Phương Thảo bị khởi tố nhưng cho tại ngoại vì đang nuôi con dưới 36 tháng tuổi.
Sau khi thấy có thuộc cấp của mình bị bắt giam, tháng 12/2017, ông Lê Văn Phước viết đơn xin được nghỉ hưu trước tuổi vì lý do bệnh tật, sức khỏe yếu không thể tiếp tục lãnh đạo TAND tỉnh Phú Yên. Đơn xin nghỉ việc của ông Phước được cấp trên chấp thuận. Lúc này ông Phước cũng phủ nhận hoàn toàn không liên quan đến việc làm giả hóa đơn, chứng từ để rút ruột hơn 1,3 tỷ. Đó là việc làm của Lộc, Nhàn và Thảo.
Quá trình mở rộng điều tra, đấu tranh với Lộc và Nhàn thì hai đối tượng này đều khai rõ ràng, chi tiết các cuộc chỉ đạo của ông Phước trong quá trình làm giả chứng từ để rút tiền chia nhau, ông Phước luôn được chia phần nhiều hơn. Sau khi có đầy đủ chứng cớ, ngày 15/9, Công an Phú Yên đã tiến hành bắt giam ông Lê Văn Phước.
