Các bệnh nhiễm khuẩn đường hô hấp trên (mũi, họng), viêm xoang, viêm tai giữa; Nhiễm khuẩn đường hô hấp dưới do liên cầu khuẩn, phế cầu khuẩn, tụ cầu gây ra; Nhiễm khuẩn đường tiết niệu không biến chứng; Bệnh lậu; Nhiễm khuẩn đường mật; Nhiễm khuẩn da, cơ do liên cầu khuẩn, tụ cầu khuẩn, E. coli nhạy cảm với amoxicillin; Viêm dạ dày - ruột (bao gồm viêm ruột do Salmonella, không do lỵ trực khuẩn). Amoxicillin còn được dùng phối hợp với các thuốc khác trong điều trị nhiễm H. pylori ở bệnh nhân loét dạ dày tá tràng.
Thuốc bền vững trong môi trường axit dịch vị của dạ dày nên sự hấp thu của thuốc không bị ảnh hưởng bởi thức ăn, do đó có thể uống trước hoặc sau bữa ăn. Bột pha hỗn dịch khi dùng có thể trộn với sữa, nước hoa quả, nước và uống ngay lập tức sau khi trộn. Thời gian điều trị tùy thuộc vào loại và mức độ nhiễm khuẩn và được xác định bởi đáp ứng lâm sàng và xét nghiệm vi khuẩn của bệnh nhân.
Khi dùng thuốc cần lưu ý tới một số tác dụng không mong muốn có thể xảy ra, thường gặp như ngoại ban (thường xuất hiện chậm, sau một tuần điều trị). Về tiêu hóa người dùng thấy hiện tượng buồn nôn, nôn, đau thượng vị, tiêu chảy (ở người lớn, tỷ lệ cao hơn ở trẻ em và người cao tuổi)…
Bên cạnh đó một số người có thể gặp phản ứng quá mẫn (ban đỏ, ban dát sần và mày đay, đặc biệt là hội chứng Stevens - Johnson là một phản ứng dị ứng nặng khi dùng thuốc). Những phản ứng không mong muốn của amoxicillin ở đường tiêu hóa thường mất đi khi ngừng điều trị. Tuy nhiên, nếu xuất hiện mày đay hoặc các dạng ban khác, nhất là ban đỏ, phù Quinck… phải ngừng dùng thuốc và thông báo ngay cho bác sĩ điều trị biết để được xử trí kịp thời, thích hợp. Ở những bệnh nhân có tiền sử dị ứng với penicillin hoặc các dị nguyên khác thì các phản ứng quá mẫn sẽ trở nên trầm trọng hơn.
Vì vậy, trước khi bắt đầu điều trị bằng amoxicillin cần phải điều tra kỹ tiền sử dị ứng với penicilin, cephalosporin và các dị nguyên khác của người bệnh. Nếu người bệnh đã bị dị ứng với thuốc này trước đó thì lần sau tuyệt đối không dùng lại thuốc này (vì nếu dùng phản ứng dị ứng sẽ nặng hơn ở những lần dùng sau). Trường hợp người bệnh dùng thuốc thấy hiện tượng đái ít, có thể đây là một nguy cơ để thuốc kết tinh, phải uống nhiều nước khi dùng thuốc.
