Bên cạnh âm dương, ngũ hành, Đông y dùng thuốc tùy theo nguyên tắc “Biện chứng luận trị” - nghĩa là tùy theo chứng trạng biểu hiện ở người bệnh mà sử dụng cách chữa, bài thuốc khác nhau.
Đối với các nhà điều trị, việc kết hợp cả Tây y và Đông y nhằm vừa giúp đạt hiệu quả cao trong việc điều trị bệnh, vừa hạn chế khả năng xảy ra tác dụng phụ đối với người bệnh. Cách chữa trị thường là: với người bị bệnh cấp tính dùng phương pháp y học hiện đại để điều trị, qua giai đoạn nguy kịch mới phục hồi chức năng bằng phương pháp y học cổ truyền.
Còn đối với người dân thường, nhiều người có quan niệm cho rằng thuốc Đông y hay thuốc y học cổ truyền (bao gồm thuốc Bắc và thuốc Nam) không độc hoặc ít độc hơn thuốc tây y. Quan niệm này có lý do của nó, phần lớn thuốc tây y đi từ con đường tổng hợp của hóa học, tức là những hóa chất ít nhiều độc tính, trong khi phần lớn thuốc Đông y xuất phát từ cây cỏ là sinh chất thiên nhiên dễ hòa hợp với sự sống của con người hơn các chất nhân tạo. Nhưng từ quan niệm thuốc đông y ít độc để đi đến chỗ lạm dụng, sử dụng bừa bãi, cứ uống nhiều thuốc đông y vào “không bổ bề ngang cũng bổ bề dọc” là điều hết sức nguy hại. Hoặc có nhiều người đang dùng thuốc tây y chữa bệnh, nghe lời đồn đại hoặc tự ý dùng thêm thuốc đông y gọi là kết hợp để điều hòa, giúp thuốc Tây y đang dùng bớt độc hại hơn. Họ không biết rằng, tự ý kết hợp thuốc Tây và thuốc Đông y như thế có khi gặp phải tương tác thuốc có hại làm cho bệnh nặng hơn, thậm chí nguy đến tính mạng.
Ta cần biết rằng, thuốc Đông y không chỉ gồm có những vị thuốc bào chế từ cây cỏ hiền hòa không có độc tính, mà còn có cả những vị thuốc rất độc làm từ khoáng chất và từ thực vật. Chưa kể người ta có thể dùng nhầm thực vật rất độc để làm thuốc, như dùng nhầm cây lá ngón và đã làm tử vong nhiều người chỉ vì không hiểu biết đó là cây rất độc.
Về khoáng chất, một số vị thuốc đông y rất độc, phải xem đó là độc chất. Thần sa, chu sa (chứa thủy ngân), thạch tín, khinh phấn… Thực vật hay dược thảo có độc tính, có thể kể: á phiện là nhựa lấy từ trái của cây thuốc phiện (Papaver somniferum), phụ tử là rễ củ của cây ô đầu Việt Nam (Aconitum fortunei), có chứa aconitin một chất cực độc, độc tính của mã tiền là do chất strychnine, nếu dùng quá liều sẽ gây cơn co giật kiểu uốn ván và nạn nhân chết vì ngạt thở.
Thậm chí nhân sâm (Panax ginseng), một loại thuốc bổ Đông y rất quý, nhưng lạm dụng, dùng không hợp lý cũng có thể gây ngộ độc. Một số người dùng nhân sâm và chế phẩm của nó với liều quá cao, hoặc quá dài ngày, dẫn đến “ngộ độc nhân sâm”: tăng huyết áp, thần kinh hưng phấn quá độ làm mất ngủ, đau đầu, chóng mặt...
Hiện nay, thuốc Đông y còn kể bao gồm cả những chế phẩm gọi là thực phẩm chức năng (TPCN) chủ yếu từ các dược thảo. Dược thảo nếu đăng ký là thuốc đó là thuốc Đông y hay thuốc y học cổ truyền thậm chí là thuốc Tây y, nhưng dược thảo đăng ký là TPCN chế phẩm được gọi là TPCN. Cần lưu ý, các TPCN được bày bán với với bao bì chai lọ giống chai lọ thuốc và dạng bào chế là viên nén, viên nang giống y như viên thuốc nhưng không được xem là thuốc. Trên nhãn, bao bì của TPCN bắt buộc phải ghi rõ: “Đây không phải là thuốc và không được dùng để thay thế thuốc”. Nhờ quảng cáo, tiếp thị rầm rộ nên nhiều người, cứ tưởng TPCN là dược thảo dùng sao cũng được, còn cả tin đến độ xem là “thần dược” chữa bá bệnh; và cứ thế tự tiện dùng kết hợp với thuốc tây y đang được dùng để chữa bệnh.
Nên lưu ý, thuốc Đông y hay TPCN là dược thảo phải dùng đúng liều lượng thì mới an toàn và nhất là không được tự tiện dùng kết hợp với thuốc tây y một cách tùy tiện. Kết hợp không đúng rất nguy hiểm. Thí dụ, dùng kết hợp TPCN tỏi, gừng, lá bạch quả... chung với thuốc kháng đông vì những thành phần như aspirin, warfarin... có thể gây ảnh hưởng xấu đến hiệu quả thuốc kháng đông của Tây y gây xuất huyết trầm trọng. Hoặc kết hợp dùng thêm nhân sâm chung với một số thuốc trị đái tháo đường có thể gây hạ đường huyết một cách nguy hiểm.
Tóm lại, thuốc Đông y cũng có những độc chất như thuốc Tây y; vì vậy, phải thật cẩn trọng khi sử dụng, không nên nghe lời truyền miệng, đồn đại về một toa thuốc, vị thuốc nào đó rồi tự tiện, sử dụng lâu dài - trong khi chưa biết trong toa ấy có chứa độc chất hay không. Cũng như, nhiều thuốc Đông y hoặc TPCN là dược thảo gây tương tác thuốc rất bất lợi nếu dùng chung thuốc Tây y; vì vậy, tuyệt đối không được kết hợp thuốc đông tây y một cách tùy tiện. Dùng kết hợp Đông, Tây y như thế nào bạn cần tham khảo ý kiến của bác sĩ. Có lời khuyên: “Khi đi khám hoặc tái khám ở bác sĩ, người bệnh phải báo cho bác sĩ biết đã dùng thuốc đông y hoặc TPCN loại nào hoặc muốn dùng thêm thuốc đông y, TPCN cũng phải hỏi ý kiến bác sĩ. Được thông báo, bác sĩ sẽ quyết định cho dùng hay không nên dùng”.