Trong điều trị, trước tiên cần xác định và loại bỏ các yếu tố gây bệnh hoặc làm nặng bệnh nếu có thể. Các loại corticosteroid xịt mũi như budesonide, fluticason propionate, beclomethason là các thuốc được lựa chọn đầu tiên do có hiệu quả trong tất cả các thể viêm mũi và độ an toàn tương đối cao. Để đảm bảo hiệu quả, cần lưu ý rửa sạch mũi và lắc đều lọ thuốc trước khi xịt.
Nếu có biểu hiện chảy máu cam sau dùng thuốc xịt, nên chuyển sang một chế phẩm corticosteroid xịt mũi khác có chứa propylen glycol hoặc một thuốc kháng histamin xịt mũi. Nếu corticosteroid xịt mũi đơn thuần không có hiệu quả nên dùng phối hợp thêm các thuốc kháng histamin uống hoặc xịt mũi như loratadin, cetirizin, fexofenadin, azelastin.
Ở người lớn tuổi, nên tránh dùng các thuốc kháng histamin thế hệ 1 như promethazin, chlorpheniramin vì có thể gây buồn ngủ, lo lắng, lú lẫn, bí tiểu, táo bón, tụt huyết áp... Những trường hợp chỉ có viêm mũi xoang đơn thuần không đi kèm với viêm kết mạc, nên dùng các thuốc kháng histamin xịt mũi như azelastin vì có tác dụng nhanh và ít tác dụng phụ.
