Kết quả đánh giá dữ liệu về tính an toàn của loại kháng sinh này cho thấy tuy tỷ lệ bệnh nhân được điều trị bằng các kháng sinh này gặp tác dụng phụ gây tàn tật vĩnh viễn là rất nhỏ, tức phản ứng là rất hiếm gặp, chủ yếu liên quan đến cơ, gân và hệ thần kinh nhưng không thể coi thường. PRAC thậm chí đã khuyến cáo nên rút số đăng ký của một số thuốc thuộc nhóm này.
Đối với các kháng sinh quinolon nằm ngoài khuyến cáo, PRAC cũng cảnh báo không sử dụng kháng sinh fluoroquinolon trong các trường hợp như: Điều trị nhiễm khuẩn trường hợp có thể cải thiện khi không cần điều trị hoặc các loại nhiễm khuẩn không nghiêm trọng (như viêm họng); Dự phòng tiêu chảy khi đi du lịch hoặc nhiễm khuẩn đường niệu dưới tái phát (nhiễm khuẩn đường tiết niệu không lan tới bàng quang); Điều trị cho bệnh nhân có tiền sử mắc phản ứng có hại nghiêm trọng khi sử dụng kháng sinh fluoroquinolon hoặc quinolon.
Đặc biệt thận trọng khi sử dụng cho người cao tuổi, bệnh nhân có bệnh thận, bệnh nhân ghép tạng hoặc được điều trị bằng corticosteroid toàn thân do các đối tượng này có nguy cơ tổn thương gân gót chân cao hơn khi sử dụng các kháng sinh fluoroquinolon và quinolon.
