Đối với các bệnh nhiễm khuẩn ở da, niêm mạc, mắt… một trong những kháng sinh có thể được sử dụng là polymyxin B. Tuy nhiên khi dùng điều trị các nhiễm khuẩn trên dùng dạng dung dịch hoặc thuốc mỡ và dùng tại chỗ (bôi, nhỏ…). Đối với mắt dùng tại chỗ hoặc cho dưới kết mạc để điều trị viêm kết mạc, viêm mí mắt, viêm giác mạc và loét giác mạc, thường do vi khuẩn P. aeruginosa gây nên.
Thuốc có thể dùng dạng đơn độc (một mình) hoặc phối hợp với các chất khác (kháng sinh oxytetracyclin, hoặc corticoid nhẹ như hydrocortisone). Khi dùng dạng phối hợp sẽ có tác dụng tốt hơn trị nhiễm khuẩn ở mắt, tai và một số nhiễm khuẩn khác. Do thuốc rất độc với thận và thần kinh nên mặc dù vẫn còn có chế phẩm thuốc tiêm, nhưng không nên dùng đường toàn thân (chỉ dùng đường toàn thân khi cần thiết và ở bệnh viện có trang bị đầy đủ, dưới sự giám sát thường xuyên của bác sĩ có kinh nghiệm). Chỉ dùng polymyxin B tiêm hoặc tiêm vào ống tủy sống cho người bệnh nội trú đã được làm đầy đủ xét nghiệm chức năng thận. Tránh dùng kết hợp polymyxin B tại chỗ với polymyxin B toàn thân vì có khả năng gây ngộ độc do tích lũy.
Đối với người có tiền sử quá mẫn với thuốc, người đang sử dụng thuốc phong bế thần kinh - cơ, dùng chế phẩm kết hợp với corticosteroid trong nhiễm nấm, nhiễm virut hoặc nhiễm khuẩn có mủ ở mắt, tai… thì không được dùng kháng sinh này. Không dùng cho phụ nữ mang thai (trừ khi có chỉ định của bác sĩ). Đối với người cho con bú nếu phải điều trị thuốc này không nên cho con bú trong thời gian dùng thuốc.
Đối với các nhiễm khuẩn tại mắt, dùng dung dịch nhỏ mắt với nồng độ 0,10 - 0,25% nhỏ vào kết mạc mỗi mắt 1 - 3 giọt, mỗi giờ một lần, sau đó tùy theo mức độ hiệu quả, giảm xuống 1 - 2 giọt, ngày 4 - 6 lần.
Với các nhiễm khuẩn ở tai, dùng dung dịch hoặc hỗn dịch dùng cho tai, nhỏ với lượng rất ít vào tai ngoài (sau khi đã được vệ sinh sạch sẽ và lau khô), và thường nhỏ 3 - 4 lần mỗi ngày.
Cần lưu ý, khi sử dụng điều trị tại chỗ người bệnh có thể gặp một số các biểu hiện như kích thích ở mắt; mày đay, ngoại ban ở da (hiếm gặp). Đây là những tác dụng phụ do thuốc gây ra. Trường hợp bội nhiễm xảy ra do phát triển quá mức những vi sinh vật không nhạy cảm (gồm cả nấm) trong khi điều trị với polymyxin B, cần áp dụng liệu pháp thích hợp. Nếu có mẫn cảm với polymyxin B tại chỗ, phải ngừng thuốc.