Thuốc hoạt động bằng cách ngăn chặn sự tăng trưởng của vi khuẩn. Tuy nhiên, gần đây Bộ Y tế, Lao động và Phúc lợi Nhật Bản (MHLW) và Cơ quan Dược phẩm và Thiết bị y khoa Nhật Bản (PMDA) đã cảnh báo về hội chứng ngoại ban mụn mủ toàn thân cấp tính (AGEP) khi người bệnh sử dụng thuốc này để điều trị.
Hội chứng ngoại ban mụn mủ toàn thân cấp tính (AGEP) có biểu hiện là các mụn mủ vô cùng nhỏ phát sinh trên nền hồng ban lan rộng. Tổn thương thường xuất hiện ở các nếp gấp như nách, bẹn và mặt, sau đó có thể lan rộng toàn thân. Triệu chứng toàn thân thường có là sốt, xét nghiệm máu bạch cầu múi trung tính tăng cao. Rủi ro này thường xuất hiện đột ngột sau từ 1-5 ngày dùng thuốc.
Tại Nhật Bản đã phát hiện một trường hợp mắc bệnh lý này và không thể loại trừ mối quan hệ nhân quả từ việc dùng kháng sinh azithromycin. Do đó, dù con số phát hiện bệnh do rủi ro của thuốc không nhiều nhưng vẫn có ý nghĩa lâm sàng quan trọng và các cơ quan y tế của Nhật đã yêu cầu cung cấp thêm thông tin về nguy cơ này trong tờ hướng dẫn dùng thuốc hay tờ thông tin thuốc để cả người bệnh và bác sĩ được biết và có lựa chọn phù hợp.
Các tác dụng phụ ít nguy hiểm và đã được biết đến của azithromycin là tiêu chảy nhẹ, buồn nôn, táo bón, chóng mặt, đau đầu, giảm cảm giác hương vị hoặc mùi…
