Một tác dụng phụ đáng chú ý nhất của valproate là rụng tóc. Tác dụng phụ này gặp cả ở nam, nữ, người già, người trẻ. Bệnh nhân dễ rụng tóc khi chải đầu, vuốt tóc hoặc khi... không làm gì cả. Các tóc rụng có thể được mọc lại, nhưng do tốc độ rụng tóc cao hơn tốc độ mọc, vì vậy bệnh nhân có mái tóc thưa, ngắn.
Ngoài ra, valproate còn có thể gây dị dạng cột sống ở thai nhi của người bệnh mang thai. Tác dụng phụ này gặp ở 1-2% số bệnh nhân nữ mang thai đang dùng valproate, đặc biệt nguy hiểm là 3 tháng đầu của thai kì. Khi siêu âm, người ta có thể phát hiện các dị dạng này ở thai nhi. Viêm gan do thuốc, nhất là ở các bệnh nhân đang bị viêm gan virus hoặc viêm gan do rượu.
Rụng tóc - một tác dụng phụ đáng chú ý khi dùng thuốc chống động kinh valproate.
Để khắc phục, cần ngừng sử dụng valproate cho các bệnh nhân bị động kinh có những tác dụng phụ này và thay thế chúng bằng các loại thuốc chống động kinh khác phù hợp với thể động kinh và mức độ động kinh của bệnh nhân như keppra, topiramate, lamotrigine... Bác sĩ điều trị sẽ căn cứ vào hiệu quả của thuốc, tác dụng phụ và... giá thành của thuốc sao cho phù hợp nhất với từng hoàn cảnh bệnh nhân cụ thể để ra quyết định.