Nhiễm sắc thể Y là một trong hai nhiễm sắc thể giới tính của con người, thường được truyền từ bố mẹ sang con trai; là nhiễm sắc thể cuối cùng trong số 24 nhiễm sắc thể trong bộ gen của con người được giải trình tự.
Các nhà khoa học đã đạt được bước tiến quan trọng trong việc tìm hiểu bộ gen của con người bằng cách giải mã hoàn toàn nhiễm sắc thể Y bí ẩn ở nam giới.