Trong vụ án này, Cơ quan CSĐT đã tách hồ sơ các hành vi “rửa tiền” và “vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng” để xử lý sau do Bùi Quang Huy (Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường) đang bỏ trốn.
Nhóm bị can bị đề nghị truy tố tội “buôn lậu” theo Điều 188, Bộ luật Hình sự 2015 gồm: Trần Ngọc Anh (Phó Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường); Nguyễn Bảo Ngọc (Giám đốc Tài chính Công ty Nhật Cường); Đỗ Quốc Huy (Giám đốc bán hàng Công ty Nhật Cường); Nông Văn Lư (Nhân viên Công ty Nhật Cường); Nguyễn Bảo Trung (lao động tự do); Trần Tất Khoa (Giám đốc Công ty Nhật Cường, Quảng Châu, Trung Quốc); Lê Hoài Phương (Nhân viên Công ty Nhật Cường, Quảng Châu); Ngô Đức Tùng (lao động tự do); Ngô Tuấn Sửu (Giám đốc Công ty cổ phần Đầu tư và Phát triển hạ tầng Thanh Sơn); Hoàng Văn Phong (Trưởng ngành hàng Apple, Công ty Nhật Cường); Mai Tiến Dũng (Trưởng ngành hàng Điện thoại cũ Công ty Nhật Cường); Phạm Văn Hiệp (lao động tự do); Bùi Quốc Việt (nhân viên Công ty Nhật Cường); Đỗ Văn Dũng (lao động tự do).
Các bị can bị đề nghị truy tố tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”, quy định tại Khoản 3, Điều 221, Bộ Luật Hình sự 2015 gồm: Nguyễn Bảo Ngọc (Giám đốc Tài chính Công ty Nhật Cường); Nguyễn Thị Bích Hằng (kế toán trưởng Công ty Nhật Cường).
Theo kết luận điều tra, Công ty Nhật Cường được thành lập năm 2001 với vốn điều lệ 600 triệu đồng, do Bùi Quang Huy (đang bị truy nã quốc tế) làm tổng giám đốc kiêm đại diện theo pháp luật. Sau 28 lần thay đổi thông tin, đến năm 2019 vốn điều lệ của doanh nghiệp này ở mức 38 tỷ đồng. Từ 2013 - 2019, Công ty Nhật Cường mua bán điện thoại di động và thiết bị điện tử với 4 hình thức kinh doanh gồm nhập khẩu và mua bán hàng có hóa đơn GTGT; nhập hàng không có hóa đơn, nguồn gốc trong nước để bán; nhập khẩu hàng hợp pháp và nhập khẩu bất hợp pháp.
Đối tượng Bùi Quang Huy hiện đã bỏ trốn và đang bị truy nã quốc tế.
Từ năm 2014 đến ngày 9/5/2019 (thời điểm thực hiện khám xét khẩn cấp), Bùi Quang Huy sử dụng hệ thống nhân sự của Công ty Nhật Cường để giao dịch mua 2.500 đơn hàng, với 255.000 điện thoại iPhone các loại, máy tính, máy tính bảng, máy nghe nhạc tổng trị giá 2.900 tỷ đồng của nhiều chủ hàng tại Mỹ, UAE, Singapore, Hong Kong... hưởng lợi hơn 221 tỷ đồng. Sau khi mua hàng, Huy và đồng phạm không ký hợp đồng với các nhà cung cấp để nhập khẩu chính ngạch mà chi số tiền hơn 72 tỷ đồng để thuê một số đường dây vận chuyển, tiếp nhận hàng của nhà cung cấp tại Hong Kong - Trung Quốc, tổ chức vận chuyển trái phép từ nước ngoài về Việt Nam. Tài liệu điều tra xác định Huy và đồng phạm đã thuê 9 đường dây vận chuyển hàng lậu từ Hong Kong về Việt Nam. Việc vận chuyển hàng hóa trái phép được thực hiện theo đường biển về cảng Hải Phòng, đường hàng không về qua Sân bay quốc tế Nội Bài và qua đường bộ từ Quảng Châu (Trung Quốc) về khu vực biên giới Việt Nam - Trung Quốc tại các tỉnh Lạng Sơn, Quảng Ninh và tập kết tại kho của Công ty Nhật Cường ở số 39 phố Lý Quốc Sư.
Đáng chú ý, với thủ đoạn lập khống hồ sơ hải quan, hàng chục ngàn chiếc điện thoại đã được đường dây buôn lậu của Bùi Quang Huy vận chuyển trót lọt qua Sân bay Nội Bài về Việt Nam tiêu thụ. Chỉ tính riêng 1 nhánh vận chuyển hàng lậu qua đường hàng không, cơ quan điều tra xác định từ tháng 1/2016 - 11/2017, nhân viên Công ty Nhật Cường đã vận chuyển trái phép 322 đơn hàng, với 40.000 sản phẩm, tổng trị giá 549 tỷ đồng từ Hong Kong về Việt Nam qua Sân bay Nội Bài.
Cơ quan điều tra kết luận, Bùi Quang Huy là người cầm đầu đường dây buôn lậu, quyết định việc chi tiền, tìm kiếm, giao dịch, làm việc với các đối tượng người Việt Nam và người nước ngoài để đặt vấn đề mua hàng tại nước ngoài. Sau đó, Bùi Quang Huy trực tiếp hoặc chỉ đạo nhân viên dưới quyền giao dịch với các nhà cung cấp để thỏa thuận về giá cả, số lượng, hình thức thanh toán, giao hàng... Bùi Quang Huy còn chỉ đạo nhân viên lập hai hệ thống sổ sách kế toán, trong đó một hệ thống đầy đủ thể hiện trong nội bộ công ty và hệ thống khác để đối phó với các cơ quan chức năng nhằm trốn thuế, che giấu doanh thu thật. Quá trình điều tra, cơ quan chức năng đã phong tỏa một số tài khoản trị giá hơn 8 tỷ đồng; tạm giữ gần 2.000 sản phẩm điện thoại, đồng hồ Apple, máy tính...
Liên quan đến vụ án Nhật Cường, trước đó, ông Nguyễn Đức Chung, cựu Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội, bị phạt 5 năm tù về tội “Chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước”.
Ông Chung và vợ là người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan trong vụ án Nhật Cường nên nhờ điều tra viên Phạm Quang Dũng (cán bộ C03, Bộ Công an) thu thập và “nắm thông tin về hướng điều tra”. Từ tháng 7/2019 - 6/2020, ông Chung đã nhận 6 tài liệu mật về vụ án từ Dũng.