Cụ thể, đơn vị thi công sẽ rào chắn cố định trên đường Phạm Ngọc Thạch với chiều dài khoảng 240m, bề rộng rào chắn 10m, phần đường dành cho xe chạy còn lại mỗi bên khoảng 5,5m. Bề rộng mặt đường Phạm Ngọc Thạch còn lại 5,5m.
Rào chắn cố định trên đường Chùa Bộc chiều dài khoảng 125m, bề rộng rào chắn 10m. Bề rộng mặt đường Chùa Bộc còn lại mỗi bên khoảng 5,5-7m; Tại trung tâm nút giao Chùa Bộc - Phạm Ngọc Thạch (giai đoạn 4) rào chắn phục vụ thi công hợp long kết cấu phần trên tại nút giao; Rào chắn nút Chùa Bộc - Phạm Ngọc Thạch nối liền hai đoạn rào chắn hiện trạng trên đường Chùa Bộc và Phạm Ngọc Thạch chiều dài rào chắn bổ sung khoảng 40m, bề rộng 10m.
Về phương án phân luồng tổ chức giao thông, Sở Giao thông Vận tải Hà Nội sẽ cấm các phương tiện hướng từ Phạm Ngọc Thạch đi Tôn Thất Tùng, Đông Tác và các phương tiện rẽ trái từ Tôn Thất Tùng đi Chùa Bộc. Các phương tiện đi các hướng còn lại qua nút giao di chuyển bình thường theo sự điều khiển hướng dẫn của hệ thống đèn tín hiệu giao thông, biển báo giao thông.
Hình ảnh thi công cầu vượt chữ C nút giao Chùa Bộc - Phạm Ngọc Thạch.
Tổ chức ô tô 1 chiều trên tuyến đường Đông Tác theo đoạn và hướng từ Lương Định Của đi Chùa Bộc. Các phương tiện hướng từ Phạm Ngọc Thạch đi Đông Tác, Tôn Thất Tùng đi theo hướng: Phạm Ngọc Thạch - Lương Định Của - Đông Tác - Tôn Thất Tùng.
Xe máy, xe đạp từ Tôn Thất Tùng rẽ trái đi Chùa Bộc đi theo hướng Tôn Thất Tùng - Đông Tác - Lương Định Của - Phạm Ngọc Thạch - Chùa Bộc hoặc quay đầu tại điểm mở dải phân cách trên đường Phạm Ngọc Thạch đi Chùa Bộc; Các phương tiện ô tô từ Tôn Thất Tùng rẽ trái đi Chùa Bộc đi theo hướng Tôn Thất Tùng - Phạm Ngọc Thạch - Đặng Văn Ngữ - Hồ Đắc Di - Tây Sơn - Chùa Bộc hoặc Phạm Ngọc Thạch - Chùa Bộc.
Cấm các xe ô tô tải có trọng tải toàn bộ xe cho phép từ 5 tấn và xe ô tô 16 chỗ trở lên hoạt động trên đường Phạm Ngọc Thạch và Chùa Bộc (trong phạm vi rào chắn công trường); Mở dải phân cách giữa 2 đầu rào chắn dự án trên đường Chùa Bộc và Phạm Ngọc Thạch cho các phương tiện xe máy quay đầu; Cấm các phương tiện đỗ xe hai bên đường Lương Định Của (đoạn khu vực chợ Kim Liên).
Đối với phương án phân luồng tổ chức giao thông từ xa, Sở Giao thông Vận tải Hà Nội hướng dẫn các phương tiện từ Tôn Thất Tùng đi Chùa Bộc hướng từ Phạm Ngọc Thạch - Chùa Bộc - Tây Sơn đi theo hướng Trường Chinh - Giải Phóng - Xã Đàn - Phạm Ngọc Thạch - Chùa Bộc.
Các phương tiện từ Tôn Thất Tùng đi Chùa Bộc theo hướng từ Tây Sơn đi Phạm Ngọc Thạch theo hướng Trường Chinh - Tây Sơn - Chùa Bộc - Phạm Ngọc Thạch; Các phương tiện từ Xã Đàn đi Chùa Bộc theo hướng Nguyễn Lương Bằng - Tây Sơn - Chùa Bộc - Phạm Ngọc Thạch; Các phương tiện từ Xã Đàn đi Chùa Bộc theo hướng từ Phạm Ngọc Thạch theo hướng: Xã Đàn - Phạm Ngọc Thạch - Chùa Bộc; Các phương tiện trong khu tập thể Trung Tự trên phố Phạm Ngọc Thạch được phân luồng đi theo các hướng Hồ Đắc Di - Nam Đồng - Nguyễn Lương Bằng - Chùa Bộc hoặc hướng Hồ Đắc Di - Xã Đàn - Phạm Ngọc Thạch.
Theo yêu cầu của Sở Giao thông Vận tải Hà Nội, Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình giao thông thành phố Hà Nội và nhà thầu phải bố trí đầy đủ hệ thống biển báo bảo đảm an toàn giao thông, an toàn lao động tại khu vực thi công, ban đêm phải có đèn cảnh báo nguy hiểm, hệ thống chiếu sáng... và có nhân công hướng dẫn phân luồng cho các phương tiện tham gia giao thông. Trong quá trình thi công, phương tiện, vật tư, thiết bị phải có vị trí tập kết an toàn trong khu vực thi công. Đất thải phải được chuyển đến nơi quy định để bảo đảm vệ sinh môi trường.
Dự án cầu vượt nút giao Chùa Bộc - Phạm Ngọc Thạch được triển khai từ tháng 10/2021, dự kiến hoàn thành vào tháng 6/2022. Tuy nhiên, do ảnh hưởng của dịch COVID-19 kéo dài, cộng với những vướng mắc trong công tác di chuyển công trình ngầm nổi, vận chuyển dầm nên dự án bị chậm tiến độ.
Cầu vượt chữ C được thiết kế kết cấu nhịp cầu dầm hộp thép liên hợp bản bê tông cốt thép, tổng chiều dài 320,4m, kéo dài từ đường Phạm Ngọc Thạch sang phố Chùa Bộc. Dự án được kỳ vọng sau khi hoàn thành sẽ khắc phục được ùn tắc giao thông tại nút giao này.
