Còn nhiễm khuẩn nấm toàn thân nặng do nhiều loài nấm gây nên phải dùng thuốc dạng tiêm tĩnh mạch. Tôi cũng được dùng để phòng nhiễm nấm cho những người bệnh sốt kéo dài và giảm bạch cầu trung tính đã điều trị lâu bằng kháng sinh phổ rộng hoặc sau điều trị ung thư bằng hóa chất nữa. Đối với vi khuẩn, virut hay Rickettsia tôi không có tác dụng, vì thế không dùng tôi để trị bệnh do những nguyên nhân này gây nên.
Tác dụng chống nấm của amphotericin B tôi là tác động vào màng của tế bào nấm, làm biến đổi tính thấm của màng này. Nhưng cũng chính vì tác dụng này mà tôi tác động vào cả bào chất của người (chủ yếu cholesterol) nên gây ra độc tính cho người sử dụng.
Đối với dạng tiêm phải dùng trong bệnh viện và có sự theo dõi chặt chẽ của nhân viên y tế. Còn đối với dạng uống (viên, dịch treo) của tôi được kê đơn cho người bệnh sử dụng ngoại trú, cần chú ý về cách sử dụng: Điều trị nấm ở miệng, quanh miệng, phải giữ dịch treo trong miệng ít nhất 1 phút trước khi nuốt. Dạng viên để tan trong miệng. Nếu là nấm Candida ở ruột thì uống viên hoặc dịch treo (liều lượng theo chỉ định của bác sĩ).
Khi dùng tôi, người bệnh cần phối hợp cùng với nhân viên y tế trong việc phát hiện ra những bất lợi của tôi nếu gặp phải để kịp thời xử trí như: thường gặp là rét run và sốt, đau đầu, đau cơ hoặc khớp; rối loạn tiêu hóa, đau bụng, đi ngoài, buồn nôn, nôn, chán ăn; da bị kích ứng, ngứa, phát ban... Đây là những triệu chứng dễ nhận biết nhất. Ngoài ra trong quá trình sử dụng, nhất là dùng liều cao, kéo dài, cần phải làm các xét nghiệm để theo dõi những bất lợi mà không dễ nhận biết liên quan đến máu (thiếu máu), đến chuyển hóa (rối loạn điện giải) hay tiết niệu (giảm chức năng thận)...