Theo dự thảo thông tư mới của Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của trường trung học phổ thông chuyên, cách thức tổ chức tuyển sinh và tính điểm xét tuyển vào lớp 10 chuyên đang có những điều chỉnh căn bản so với hiện nay. Thay vì tổ chức lớp chuyên theo từng môn học đơn lẻ như trước, dự kiến các trường chuyên sẽ tổ chức lớp học theo ba khối gồm Khối Khoa học tự nhiên, Khối Khoa học xã hội và Khối Ngoại ngữ.
Cụ thể về cách tính điểm xét tuyển đầu vào, các khối chuyên truyền thống gồm Toán, Tin, Vật lý, Hóa học, Sinh học sẽ gộp chung vào Khối Khoa học tự nhiên với công thức tính điểm xét tuyển bằng điểm Toán nâng cao nhân tối thiểu hệ số 2, cộng điểm Ngữ văn cơ bản hệ số 1, cộng điểm bài thi đánh giá năng lực đọc hiểu khoa học tự nhiên hệ số 1.
Đối với các khối chuyên truyền thống như Ngữ văn, Lịch sử, Địa lý, dự thảo xếp vào Khối Khoa học xã hội với công thức xét tuyển bằng điểm Toán cơ bản hệ số 1, cộng điểm Ngữ văn nâng cao nhân tối thiểu hệ số 2, cộng điểm bài thi đánh giá năng lực đọc hiểu khoa học xã hội hệ số 1.
Riêng đối với Khối Ngoại ngữ, điểm xét tuyển được tính bằng tổng điểm Toán cơ bản hệ số 1, cộng điểm Ngữ văn cơ bản hệ số 1 và điểm ngoại ngữ đăng ký dự tuyển nhân hệ số 2.
Về thành phần các bài thi, các bài thi Toán và Ngữ văn cơ bản sẽ sử dụng chung đề thi của Sở Giáo dục và Đào tạo dành cho kỳ thi tuyển sinh lớp 10 đại trà trên địa bàn. Đối với các địa phương không tổ chức thi tuyển sinh, Sở Giáo dục và Đào tạo sẽ tổ chức riêng các bài thi này cho học sinh dự tuyển vào trường chuyên. Các bài thi nâng cao gồm Toán nâng cao, Ngữ văn nâng cao và ngoại ngữ sẽ do Sở Giáo dục và Đào tạo quy định dựa trên chuẩn yêu cầu cần đạt của cấp trung học cơ sở.
Đặc biệt, bài thi đánh giá năng lực đọc hiểu khoa học tự nhiên hoặc khoa học xã hội là bài thi tổng hợp nhằm kiểm tra tư duy logic, lập luận và khả năng giải quyết vấn đề dựa trên nền tảng kiến thức bậc trung học cơ sở, không đòi hỏi kiến thức chuyên sâu của từng môn học riêng lẻ.
Dưới đây là dự kiến các bài thi vào 3 khối chuyên ở các trường chuyên theo dự thảo của Bộ GD&ĐT:
| Khối chuyên Khoa học tự nhiên | Khối chuyên Khoa học xã hội | Khối chuyên Ngoại ngữ |
| Toán nâng cao (tối thiểu hệ số 2) | Ngữ văn nâng cao (tối thiểu hệ số 2) | Môn ngoại ngữ đăng ký dự tuyển (tối thiểu hệ số 2) |
| Ngữ văn | Toán | Toán |
| Bài thi đánh giá năng lực đọc hiểu khoa học tự nhiên | Bài thi đánh giá năng lực đọc hiểu khoa học xã hội | Ngữ văn |
Xét về tổng thể cấu trúc bài thi của từng khối chuyên, học sinh thi vào Khối Khoa học tự nhiên sẽ làm bài Toán nâng cao (hệ số từ 2 trở lên), bài thi Ngữ văn cơ bản và bài thi đánh giá năng lực đọc hiểu khoa học tự nhiên. Học sinh thi vào Khối Khoa học xã hội sẽ làm bài Ngữ văn nâng cao (hệ số từ 2 trở lên), bài thi Toán cơ bản và bài thi đánh giá năng lực đọc hiểu khoa học xã hội.
Trong khi đó, học sinh thi vào Khối Ngoại ngữ sẽ làm bài ngoại ngữ đăng ký dự tuyển (hệ số từ 2 trở lên), bài thi Toán cơ bản và bài thi Ngữ văn cơ bản. So với quy định hiện hành là thi bốn môn gồm Toán, Ngữ văn, Ngoại ngữ và môn chuyên hệ số 2, dự kiến mới này khiến học sinh định hướng các môn tự nhiên hoặc xã hội chịu tác động và thay đổi rõ rệt về cấu trúc ôn tập.
Bên cạnh phương thức thi tuyển, dự thảo cũng đưa ra bước đột phá về mô hình tổ chức học tập trong giai đoạn đầu cấp. Cụ thể, khi trúng tuyển vào lớp 10, học sinh chưa học định hướng chuyên sâu ngay lập tức. Trong học kỳ I của lớp 10, học sinh sẽ tham gia các hoạt động học tập trải nghiệm, các dự án nhập môn để được tư vấn và xác định rõ lĩnh vực, ngành nghề mình thực sự quan tâm.
Đến cuối học kỳ I lớp 10, bên cạnh môn học bắt buộc theo khối gồm Toán đối với khối tự nhiên, Ngữ văn đối với khối xã hội và ngoại ngữ đối với khối ngoại ngữ, mỗi học sinh sẽ đăng ký thêm hai môn để học chuyên sâu dựa trên năng lực, sở trường và định hướng thi đại học. Các tổ hợp lựa chọn có thể bao gồm Toán - Vật lý - Hóa học, Toán - Hóa học - Sinh học, Toán - Vật lý - Tin học hoặc Ngữ văn - Lịch sử - Địa lý.
Từ học kỳ II của lớp 10, học sinh bắt đầu học các chuyên đề định hướng theo đúng các môn đã chọn. Tới năm lớp 11, học sinh sẽ chuyển sang học ổn định chương trình nâng cao tại các lớp chuyên chính thức theo môn học, được hình thành từ học sinh của một hoặc nhiều lớp trong cùng khối chuyên có chung lựa chọn môn chuyên sâu. Ngoài ra, học sinh vẫn có cơ hội được xem xét thay đổi môn học chuyên sâu vào cuối năm lớp 10 hoặc cuối lớp 11 nếu có nguyện vọng, dựa trên sự tư vấn của nhà trường, đánh giá năng lực thực tế và sự đồng ý của phụ huynh.