Triển khai thực hiện Nghị định số 115/2005/NĐ-CP ngày 5/9/2005 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong các tổ chức công nghệ công lập, Bộ Y tế đã tổ chức thẩm định đề án kiện toàn tổ chức và hoạt động của Viện Sốt rét - Ký sinh trùng - Côn trùng Trung ương, Viện Y học lao động và vệ sinh môi trường; Hoàn thiện đề án hoạt động của Viện Dược liệu, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, Viện Vệ sinh Y tế công cộng thành phố Hồ Chí Minh, Viện Dinh dưỡng, Viện Vệ sinh dịch tễ Tây Nguyên, Viện Pasteur thành phố Hồ Chí Minh.