Theo dự thảo Nghị định về tổ chức và hoạt động của Thanh tra Y tế của Bộ Y tế soạn thảo đang lấy ý kiến nhân dân tại Cổng thông tin điện tử Chính phủ, cơ quan thực hiện chức năng thanh tra y tế gồm: cơ quan thanh tra Nhà nước; cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành. Cụ thể, cơ quan thanh tra Nhà nước gồm: Thanh tra Bộ Y tế, Thanh tra Sở Y tế.
Một số cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành gồm: Tổng cục DS-KHHGĐ; các Cục thuộc Bộ Y tế gồm: Cục Quản lý Dược; Cục Quản lý KCB; Cục Quản lý môi trường y tế; Cục Y tế dự phòng; Cục ATTP; các Chi cục thuộc Sở Y tế: Chi cục DS-KHHGĐ, Chi cục ATVSTP.