Quy hoạch phát triển Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh giai đoạn 2010-2020 với tầm nhìn tới 2030 xác định: “Xây dựng Đại học Y Dược thành phố Hồ Chí Minh thành Đại học sức khỏe trọng điểm quốc gia về đào tạo, nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, là trung tâm ứng dụng và cung cấp các dịch vụ y tế chất lượng cao trong các lĩnh vực của y tế cho các tỉnh phía Nam và cả nước, đáp ứng yêu cầu của công tác bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhân dân”.
Để thực hiện mục tiêu này, bảo đảm chất lượng quản trị hệ thống và hoạt động chức năng là yếu tố xuyên suốt trong chiến lược phát triển của nhà trường. Năm 2017, Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh hoàn thành kiểm định cơ sở giáo dục theo tiêu chuẩn của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Năm 2018, trường tham gia Mạng lưới Đại học khối ASEAN (ASEAN University Network). Tháng 5 năm 2021, chương trình đào tạo Y khoa và Dược học đã được đánh giá theo chuẩn Khu vực Đông Nam Á và hoàn thành với kết quả xuất sắc.
Chương trình đào tạo Bác sĩ Y khoa đổi mới là chương trình đào tạo y khoa đầu tiên ở Việt Nam được xây dựng theo chuẩn năng lực, thuộc Dự án “Giáo dục và đào tạo nhân lực y tế phục vụ cải cách hệ thống y tế” (HPET) được Bộ Y tế triển khai trong giai đoạn 2014-2020. Các chuẩn đầu ra được xây dựng dựa trên “Chuẩn năng lực cơ bản bác sĩ đa khoa” do Bộ Y tế ban hành và Khung năng lực trình độ quốc gia bậc VII, đối sánh với các chương trình trong nước, khu vực và thế giới.
Với sự hợp tác của nhiều đối tác quốc tế như Trường Đại học Y Harvard (Mỹ), tổ chức HAIVN, Đại học Geneva (Thụy Sỹ), Đại học Ludwig Maximilian (LMU) (Đức), Đại học DUKE-NUS (Singapore), chương trình đổi mới tiếp cận trình độ của thế giới, khung chương trình được thiết kế tích hợp y học cơ sở, y học lâm sàng và y học dựa trên bằng chứng, phát triển toàn diện năng lực chuyên môn, nghiên cứu khoa học và học tập suốt đời. Đơn vị Phát triển giảng viên được thành lập nhằm đào tạo đội ngũ giảng viên đáp ứng yêu cầu của chương trình đổi mới, với sự hỗ trợ của nhiều tổ chức quốc tế, trong đó có Trung tâm sức khỏe Đại học Texas Tech, El Paso.
Chương trình đào tạo Dược học 5 năm hệ đại học được xây dựng dựa trên thuyết kiến tạo, với triết lý lấy người học làm trung tâm, nhằm đáp ứng các nhu cầu thực tế của xã hội. Đây là chương trình đào tạo Dược sĩ đại học đầu tiên tại Việt Nam được kiểm định theo bộ tiêu chuẩn khu vực Đông Nam Á.
Trước đó, chương trình đã được đánh giá bởi Tổ chức kiểm định chương trình đào tạo Dược, Hiệp hội Trưởng khoa các Trường Đại học Dược khối Pháp ngữ (CIDPHARMEF) vào năm 2015 và 2019. Dược sĩ tốt nghiệp đạt chuẩn đầu ra về năng lực chuyên môn, kỹ năng và đạo đức nghề nghiệp, phù hợp “Chuẩn năng lực cơ bản của dược sĩ” do Bộ Y tế ban hành. Đây là nguồn nhân lực quan trọng và có chất lượng cao, đóng góp cho sự nghiệp chăm sóc sức khỏe nhân dân, góp phần nâng cao vị thế nền Dược học Việt Nam.
Trong đợt đánh giá, bên cạnh các Kiểm định viên là các chuyên gia quốc tế có uy tín trong lĩnh vực giáo dục đại học và kiểm định, đặc biệt có sự hiện diện của Tiến sĩ Choltis Dhirathiti, Giám đốc chuyên môn của AUN. Các chương trình đều được đánh giá xuất sắc với 10/11 tiêu chuẩn đạt 5 và 6 trên thang điểm 7, tương ứng mức chất lượng tiêu biểu và vượt chuẩn.
Kết quả kiểm định là minh chứng cụ thể cho quyết tâm của Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh với mục tiêu hoàn thành sứ mạng, tầm nhìn, đáp ứng các yêu cầu giá trị cốt lõi, hiện thực hóa nội dung triết lý giáo dục: “Phát huy nội lực và tăng cường hợp tác quốc tế nhằm tối ưu môi trường dạy và học, lấy người học làm trung tâm, xây dựng đội ngũ cán bộ y tế toàn diện, có đức có tài, có trách nhiệm, sẵn sàng thích ứng và hội nhập”.
Hệ thống Mạng lưới Đại học khối ASEAN có 30 đại học thành viên chính thức và 117 trường đại học thành viên liên kết, Việt Nam có 3 đại học thành viên và 38 trường thành viên liên kết. Từ năm 2007 đến hết tháng 5 năm 2021, AUN-QA thực hiện 214 đợt đánh giá trên 659 chương trình, trong đó có 77 đợt đánh giá với tổng số 223 chương trình tại 27 trường đại học tại Việt Nam. Ở cấp cơ sở giáo dục, 8 trường đã được đánh giá chất lượng theo tiêu chuẩn AUN-QA, trong đó có hai trường tại Việt Nam.