Tại phiên tòa, đại diện Quân chủng Hải quân trình bày, trong quá trình giải quyết vụ án, quân chủng được xác định là bị hại. Đại diện Quân chủng Hải quân giữ nguyên quan điểm, đề nghị tòa tuyên Công ty Hải Thành nộp lại số tiền hơn 939 tỷ về cho Quân chủng Hải quân do số tiền này đã được UBND TP HCM cho phép quân chủng giữ lại để xây dựng, củng cố doanh trại...
Đối với Đô đốc Nguyễn Văn Hiến, đại diện Quân chủng Hải quân cho biết, ông Hiến đã có nhiều công lao đóng góp trong bảo vệ Tổ quốc, bảo vệ chủ quyền biển đảo, xây dựng Quân chủng Hải quân chính quy, tinh nhuệ. Do đó, đại diện Quân chủng Hải quân đề đạt nguyện vọng mong HĐXX giảm nhẹ cho cựu Tư lệnh Nguyễn Văn Hiến.
Liên quan đến lô đất quốc phòng bị mang đi thế chấp, đại diện Ngân hàng BIDV đề nghị HĐXX tuyên không thu hồi quyền sử dụng đất tại số 7-9 Tôn Đức Thắng và hoàn trả lại nguyên trạng giấy chứng nhận quyền sử dụng đất mang tên Cty Yên Khánh Hải Thành cho BIDV, để đảm bảo hợp đồng thế chấp. Cùng với đó, đại diện BIDV đề nghị giải tỏa việc phong tỏa các tài khoản thanh toán của các bên liên quan để các doanh nghiệp nhanh chóng hoạt động kinh doanh, có tiền trả nợ Ngân hàng. Phía BIDV cũng đề nghị, nếu buộc phải thu hồi đất theo yêu cầu quốc phòng an ninh thì BIDV đề nghị tuyên buộc các bên vay, các bên liên quan cần thay thế các tài sản đảm bảo khác với điều kiện các tài sản bổ sung thay thế phải đúng yêu cầu của pháp luật.
Cựu Thứ trưởng Bộ Quốc phòng - Nguyễn Văn Hiến.
Sau phần tranh luận, các bị cáo được nói lời sau cùng trước khi HĐXX vào nghị án. Nói lời sau cùng, bị cáo Nguyễn Văn Hiến cho biết: “Tôi rất đau xót. Trong sự việc này lỗi của tôi là vì điều kiện công việc nên thực thi chưa đủ sát sao, quyết liệt. Tôi chân thành xin lỗi Đảng, Nhà nước, xin lỗi nhân dân và các đồng đội đang phục vụ trong quân đội, đặc biệt xin lỗi các cán bộ, chiến sỹ hải quân nhân dân Việt Nam anh hùng qua các thời kỳ. Mong HĐXX xem xét lỗi phạm của tôi một cách khách quan, toàn diện để cho ra bản án thấu tình, đạt lý vừa mang tính răn đe, cảnh tỉnh giáo dục nhưng nhân văn. Tại phiên tòa, ngoài tôi còn có các cấp dưới. Các cấp dưới của tôi cũng vi phạm nhưng không có động cơ, lợi ích cá nhân nên rất mong HĐXX xem xét giảm hình phạt nhẹ nhất cho các cấp dưới”.
Nói lời sau cùng, bị cáo Đinh Ngọc Hệ cảm ơn HĐXX, các cơ quan tố tụng đã tạo điều kiện cho bản thân và các luật sư trình bày quan điểm. Bị cáo Hệ mong HĐXX sẽ xem xét vụ án một cách khách quan, công tâm nhất.
