Tòa xác định bị hại trong vụ án là Quân chủng Hải quân (QCHQ). Nhiều pháp nhân được triệu tập tham dự phiên tòa với tư cách người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan, trong đó có một số công ty lớn như Công ty cổ phần Xăng dầu Thái Sơn B.Q.P, Công ty TNHH MTV Dịch vụ và du lịch biển, đảo Hải Thành (gọi tắt là Công ty Hải Thành), Công ty cổ phần Cảnh Hưng Hải Thành, Ngân hàng BIDV...
Bị cáo Nguyễn Văn Hiến - cựu Thứ trưởng Bộ Quốc phòng tại phiên xét xử.
Trong vụ án này, 8 bị cáo bị truy tố về 3 nhóm tội danh khác nhau. Đô đốc Nguyễn Văn Hiến - cựu Thứ trưởng Bộ Quốc phòng là người duy nhất hầu tòa với tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng. 4 cựu sĩ quan quân đội (cấp hàm đại tá) bị cáo buộc về tội vi phạm các quy định về quản lý đất đai gồm: Bùi Như Thiềm - cựu Trưởng phòng kinh tế Quân chủng Hải quân (QCHQ), Đoàn Mạnh Thảo - cựu Trưởng phòng Tài chính QCHQ, Bùi Văn Nga - cựu Giám đốc Công ty Hải Thành, thuộc QCHQ và Trần Trọng Tuấn - cựu Phó Giám đốc Công ty Hải Thành.
3 bị cáo còn lại là Đinh Ngọc Hệ (tức Út “trọc” - cựu Phó Tổng Giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn), Phạm Văn Duyệt - cựu Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Tập đoàn Đức Bình) và Vũ Thị Hoan - cựu Giám đốc Công ty Yên Khánh) bị truy tố về tội lừa đảo chiếm đoạt tài sản.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương, ông Nguyễn Văn Hiến khi giữ chức vụ Tư lệnh Quân chủng Hải quân do tin tưởng cấp dưới nên không kiểm tra, đã ký và phê duyệt các văn bản để đưa 3 khu đất quốc phòng vào liên doanh làm kinh tế trái quy định của Bộ Quốc phòng, của Chính phủ và Luật Đất đai năm 2013. Ngoài ra, ông Hiến được xác định thiếu kiểm tra việc thực hiện ý kiến chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng. Sau khi ủy quyền cho Giám đốc Công ty Hải Thành ký hợp đồng, ông Hiến không trực tiếp kiểm tra việc thực hiện của các cơ quan và doanh nghiệp này. Sự thiếu trách nhiệm nêu trên của ông Hiến dẫn đến việc đối tác đã sử dụng Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất mang đi thế chấp, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp và chuyển quyền sở hữu cho bên thứ ba. Hành vi của ông Hiến khiến Quân chủng Hải quân mất quyền quản lý, sử dụng 3 khu đất trên đường Tôn Đức Thắng (TP.HCM) trong thời gian 49 năm gây thất thoát cho Nhà nước gần 940 tỷ đồng.
Cáo trạng của Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương cũng xác định, các bị cáo: Bùi Như Thiềm, Đoàn Mạnh Thảo, Bùi Văn Nga và Trần Trọng Tuấn đã tham mưu, đề xuất không đúng quy định của pháp luật dẫn đến việc ông Nguyễn Văn Hiến thiếu kiểm tra, xét duyệt nên gây thất thoát số tiền đặc biệt lớn.
Đối với các bị cáo Đinh Ngọc Hệ, Phạm Văn Duyệt và Vũ Thị Hoan, cáo trạng của Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương xác định các bị cáo đã có hành vi gian dối để Công ty Hải Thành, Quân chủng Hải quân tin tưởng làm các thủ tục ký kết hợp đồng Thành lập Công ty liên doanh TNHH Yên Khánh Hải Thành (Công ty Yên Khánh Hải Thành) thực hiện dự án xây dựng và vận hành cao ốc đa chức năng tại khu đất số 7-9, thời hạn 49 năm, sau đó đã làm thủ tục chuyển quyền sử dụng khu đất số 7-9 cho Công ty Yên Khánh Hải Thành. Sau khi có Giấy chứng nhận chuyển quyền sử dụng đất, Hệ chỉ đạo Diệt và Hoan lập hồ sơ thế chấp quyền sử dụng khu đất số 7-9. Trong đó, sử dụng Biên bản họp HĐTV Công ty Yên Khánh Hải Thành (ngày 26/3/2010) có chữ ký giả của Trần Trọng Tuấn để lập hồ sơ vay vốn tại Ngân hàng VietBank - Chi nhánh TP.HCM số tiền 52 tỷ đồng để Công ty Yên Khánh sử dụng mua căn nhà số 40/28 và 40/30 Trần Não - quận 2 - TP.HCM, mua cổ phiếu của Công ty cảng Tân Cảng Hiệp Phước (khoản vay này đã được giải chấp cuối năm 2013). Sau khi giải chấp tại Ngân hàng VietBank, bằng thủ đoạn trên, Hệ và Diệt chỉ đạo Hoan thế chấp khu đất số 7-9 tại Ngân hàng BIDV - Chi nhánh Thành Đô, bảo đảm cho 8 công ty của Hệ vay, cấp bảo lãnh số tiền hơn 765 tỷ đồng. Hiện nay, còn 4 công ty có dư nợ với ngân hàng được bảo đảm bằng khu đất số 7-9 với tổng số nợ gốc và lãi hơn 545 tỷ đồng.
Trước đó, vào tháng 9/2019, Thủ tướng Chính phủ ký quyết định thi hành kỷ luật ông Nguyễn Văn Hiến bằng hình thức xóa tư cách nguyên Tư lệnh Quân chủng Hải quân, nguyên Thứ trưởng Bộ Quốc phòng do có những vi phạm, khuyết điểm rất nghiêm trọng trong thời gian đương nhiệm. Cuối tháng 10/2019, ông Nguyễn Văn Hiến bị khởi tố. Tại Hội Ban Chấp hành Trung ương lần thứ 12 mới đây, ông Nguyễn Văn Hiến đã bị khai trừ ra khỏi Đảng.